PDB-7t3n: R184Q/E191Q mutant of rat vesicular glutamate transporter 2 (VGLUT2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t3n

タイトル

R184Q/E191Q mutant of rat vesicular glutamate transporter 2 (VGLUT2)

要素

Vesicular glutamate transporter 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / synaptic vesicle / neurotransmitter / glutamate transport

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / phosphate ion uniporter activity / L-glutamate uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / hyaloid vascular plexus regression / L-glutamate import ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Li, F. / Stroud, R.M. / Edwards, R.H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	R01NS089713	米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)	K99MH119591	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Substrate Recognition, Directional Flux, and Allostery in a Synaptic Vesicle Glutamate Transporter
著者: Li, F. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2021年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t3n.cif.gz	88.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t3n.ent.gz	67.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7t3n_validation.pdf.gz	966 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7t3n_full_validation.pdf.gz	956.4 KB	表示
XML形式データ	7t3n_validation.xml.gz	97.7 KB	表示
CIF形式データ	7t3n_validation.cif.gz	164.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t3n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	25665MC 25666C 7t3oC 8sbe M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Vesicular glutamate transporter 2

ヘテロ分子

65.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Vesicular glutamate transporter 2 / VGluT2 / Differentiation-associated BNPI / Differentiation-associated Na(+)-dependent inorganic ...VGluT2 / Differentiation-associated BNPI / Differentiation-associated Na(+)-dependent inorganic phosphate cotransporter / Solute carrier family 17 member 6 分子量: 64845.637 Da / 分子数: 1 / 変異: R184Q, E191Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Slc17a6, Dnpi, Vglut2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9JI12
#2: 化合物	ChemComp-C5B / (1S,3R)-1-AMINOCYCLOPENTANE-1,3-DICARBOXYLIC ACID / 1S,3R-ACPD / (1S,3R)-ACPD 分子量: 173.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₇H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-I7Y / (2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside 分子量: 855.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₇₄O₁₅
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: complex of rat vesicular glutamate transporter 2 with a Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DARK FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 20000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 8000 nm
撮影	電子線照射量: 66 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
7	Coot	モデルフィッティング
13	PHENIX	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126964 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

PDB-ID: 6V4D

6v4d
PDB 未公開エントリ

精密化

最高解像度: 3 Å

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.005	3617
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.639	4936
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	8.451	2732
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.046	564
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	598

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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