+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sne | ||||||
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Title | Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD | ||||||
Components | Pertussis toxin subunit 1 | ||||||
Keywords | TOXIN / TRANSFERASE / Whooping cough / Pertussis / pertussis toxin / S1 / ADP ribosyltransferase | ||||||
Function / homology | Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular region / Chem-9XR / Pertussis toxin subunit 1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Bordetella pertussis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.00010998749 Å | ||||||
Authors | Littler, D.R. / Beddoe, T. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2022 Title: Crystal structures of pertussis toxin with NAD + and analogs provide structural insights into the mechanism of its cytosolic ADP-ribosylation activity. Authors: Sakari, M. / Tran, M.T. / Rossjohn, J. / Pulliainen, A.T. / Beddoe, T. / Littler, D.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7sne.cif.gz | 513.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7sne.ent.gz | 386.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7sne.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7sne_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7sne_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 7sne_validation.xml.gz | 36.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7sne_validation.cif.gz | 53.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7sne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7sne | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7skiC 7skkC 7skySC 7u6zC 7smy S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20725.354 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C41S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bordetella pertussis (bacteria) / Gene: ptxA, BP3783 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) References: UniProt: P04977, Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases, NAD+ ADP-ribosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-9XR / [( #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 14, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1→34.7 Å / Num. obs: 307206 / % possible obs: 87.6 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 6.67286052023 Å2 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 1→1.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 112134 / Rpim(I) all: 0.42 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7SKY Resolution: 1.00010998749→34.6785802103 Å / SU ML: 0.121677591248 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96032326264 / Phase error: 22.460495507 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.5177530941 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.00010998749→34.6785802103 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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