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- PDB-7sh4: CD1a-phosphatidylglycerol binary structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sh4
タイトルCD1a-phosphatidylglycerol binary structure
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1a
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD1 / antigen presentation / lipid / phospholipid
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / : / : / negative regulation of receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / : / : / negative regulation of receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein binding / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / immune response / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MW9 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / T-cell surface glycoprotein CD1a / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wegrecki, M. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2023
タイトル: Staphylococcal phosphatidylglycerol antigens activate human T cells via CD1a.
著者: Monnot, G.C. / Wegrecki, M. / Cheng, T.Y. / Chen, Y.L. / Sallee, B.N. / Chakravarthy, R. / Karantza, I.M. / Tin, S.Y. / Khaleel, A.E. / Monga, I. / Uwakwe, L.N. / Tillman, A. / Cheng, B. / ...著者: Monnot, G.C. / Wegrecki, M. / Cheng, T.Y. / Chen, Y.L. / Sallee, B.N. / Chakravarthy, R. / Karantza, I.M. / Tin, S.Y. / Khaleel, A.E. / Monga, I. / Uwakwe, L.N. / Tillman, A. / Cheng, B. / Youssef, S. / Ng, S.W. / Shahine, A. / Garcia-Vilas, J.A. / Uhlemann, A.C. / Bordone, L.A. / Han, A. / Rohde, C.H. / Ogg, G. / Moody, D.B. / Rossjohn, J. / de Jong, A.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1a
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5549
ポリマ－45,0252
非ポリマー1,5307
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.225, 89.790, 105.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1a / T-cell surface antigen T6/Leu-6 / hTa1 thymocyte antigen


分子量: 32464.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06126
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 12560.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

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糖 , 1種, 1分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 313分子

#4: 化合物 ChemComp-MW9 / (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-stearoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phospho-(1'-rac-glycerol) / (2S)-3-(1-O-ステアロイル-2-O-オレオイル-L-グリセロ-3-ホスホオキシ)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 777.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20-25% PEG 1500, 0.1M MMT pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.37 Å / Num. obs: 27852 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1996 / CC1/2: 0.657

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KOZ

7koz


解像度: 2→45.37 Å / SU ML: 0.2473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.9629
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1079 3.88 %
Rwork0.1928 26712 -
obs0.1943 27791 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 101 307 3469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00523252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80774398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.49691187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.090.2881340.25343266X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.20.27961320.23143294X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.340.24951200.22023314X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.520.24171220.21693290X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.770.29421410.2123320X-RAY DIFFRACTION100
2.77-3.170.23851420.19423322X-RAY DIFFRACTION100
3.17-40.18571330.1723383X-RAY DIFFRACTION100
4-45.370.21611550.17173523X-RAY DIFFRACTION99.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.25315117816-0.590861778616-0.2878747989582.37788910505-0.03591196743523.664552527610.3437002117840.626404296723-0.419022212608-0.273147628609-0.1600292865470.0577939480510.147195009595-0.0754033412437-0.146687979090.2737279011570.0126525139172-0.011116941340.241833075729-0.07336100589630.23415708637827.934819442530.721413207434.2455343284
22.53768645941-0.01297422414030.8511272855942.595666985810.3739275123482.051230112560.0085972457132-0.1049575711160.2303552360670.07339015589980.0731678349531-0.06947399392630.00292299274451-0.040170018573-0.05941590746320.1049569202260.006037453573970.01347848001260.1387011253260.01812816852210.1697116640279.6350059572362.288828654850.3816668565
38.62161225886-2.033773543660.1949013978092.46155524987-0.577269254252.63021955432-0.306614678045-0.175944999021-0.2085105717910.2260750693730.2667299570370.0536044558586-0.04692185617650.137136526301-0.03154924267010.173805053253-0.00751433728108-0.02910315152070.145940931728-0.02803989723490.1352782505311.780941394746.515151237854.6962149128
45.93377416543-0.428530315558-2.36600132231.667409163251.160649250861.37351410526-0.0894910588947-0.0460894932808-0.2416588326250.04901304886880.02442914342360.1210399812660.112506436640.003957363080350.1158683730640.2228008776520.0095694404187-0.02569776954130.1718774787550.02396542022330.1679400948713.654723067938.434838818652.7257454695
54.10990194405-3.419578695222.649007718043.49651501765-2.336984039422.47570134993-0.166210484681-1.960174830091.353102512790.3967948151690.6067883172990.56350975411-1.36797831907-1.32968198061-0.2424082832270.5031548445260.1025264365510.07953086489710.555214494205-0.06958007578280.46951659448-1.6710909199846.606586287864.7055572924
64.12468909564-2.186519830140.4283574872241.64334089448-0.1298952814190.196979715474-0.450147542725-1.89143447981-0.5118324976280.6935653382320.3058203489540.1943820740.4720052387730.409454154150.117212123250.3318949478140.109795624666-0.01175967264520.6295053094660.08933259932140.17048259747717.722347765839.552561043763.2188087358
72.22156996759-1.256880300650.5581767482630.704577763593-0.4777915132010.453745996912-0.341846146625-0.5541846255761.069613760720.8208105780591.055859959490.694150074591-1.06434294757-0.249863938226-0.2198742700910.6217045465920.1535378299440.2546657209940.488179987213-0.1182725067290.8460632239810.25476739024456.80690085765.9031016563
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 9 through 181 )AA9 - 1811 - 168
22chain 'A' and (resid 182 through 285 )AA182 - 285169 - 272
33chain 'B' and (resid 2 through 20 )BE2 - 201 - 19
44chain 'B' and (resid 21 through 72 )BE21 - 7220 - 71
55chain 'B' and (resid 73 through 78 )BE73 - 7872 - 77
66chain 'B' and (resid 79 through 95 )BE79 - 9578 - 94
77chain 'B' and (resid 96 through 107 )BE96 - 10795 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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