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- PDB-7s7a: Crystal structure of CDK2 liganded with compound EF3019 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s7a
タイトルCrystal structure of CDK2 liganded with compound EF3019
要素Cyclin-dependent kinase 2
キーワードCELL CYCLE / allosteric inhibitor / drug development / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / cyclin-dependent protein kinase activity / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / cyclin-dependent protein kinase activity / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / telomere maintenance in response to DNA damage / G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / cellular response to nitric oxide / Activation of the pre-replicative complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / post-translational protein modification / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / meiotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Meiotic recombination / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / G1/S transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / cellular senescence / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / regulation of gene expression / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Ras protein signal transduction / transcription regulator complex / DNA replication / chromosome, telomeric region / endosome / chromatin remodeling / protein domain specific binding / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8FI / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sun, L. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1R61HD099743-01 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA076292 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Screening through Lead Optimization of High Affinity, Allosteric Cyclin-Dependent Kinase 2 (CDK2) Inhibitors as Male Contraceptives That Reduce Sperm Counts in Mice.
著者: Faber, E.B. / Wang, N. / John, K. / Sun, L. / Wong, H.L. / Burban, D. / Francis, R. / Tian, D. / Hong, K.H. / Yang, A. / Wang, L. / Elsaid, M. / Khalid, H. / Levinson, N.M. / Schonbrunn, E. / ...著者: Faber, E.B. / Wang, N. / John, K. / Sun, L. / Wong, H.L. / Burban, D. / Francis, R. / Tian, D. / Hong, K.H. / Yang, A. / Wang, L. / Elsaid, M. / Khalid, H. / Levinson, N.M. / Schonbrunn, E. / Hawkinson, J.E. / Georg, G.I.
履歴
登録2021年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5125
ポリマ－33,9761
非ポリマー5364
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.920, 72.170, 72.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 33976.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-8FI / 2-{[2-(2H-indazol-3-yl)ethyl]amino}-5-(trifluoromethyl)benzoic acid


分子量: 349.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H14F3N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4.5mg/mL CDK2 protein crystalized under 25mM Na/K phosphate, 25mM Hepes Na, pH 7.5, 5% v/v PEG3350 was soaked overnight with 5mM EF3109 in 50mM Hepes Na, pH 7.5, 10% v/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→27.77 Å / Num. obs: 31791 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.56 Å2 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 21.14
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID
7.6-27.714090.0251
5.38-7.66980.0261
4.39-5.386990.0241
3.8-4.3910160.0271
3.4-3.811590.0291
3.1-3.412630.0331
2.87-3.113940.041
2.69-2.8714460.0471
2.53-2.6915740.0541
2.4-2.5316290.0661
2.29-2.417430.0771
2.19-2.2917830.11
2.11-2.1918760.1081
2.03-2.1119350.1481
1.96-2.0319990.1781
1.9-1.9620880.251
1.84-1.921420.3691
1.79-1.8421850.5111
1.74-1.7922640.6191
1.7-1.7422990.8181

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4kd1

4kd1


解像度: 1.7→27.77 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 1585 5 %
Rwork0.2058 30137 -
obs0.2075 31722 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.61 Å2 / Biso mean: 36.0614 Å2 / Biso min: 18.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→27.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2185 0 37 115 2337
Biso mean--42.77 38.01 -
残基数----278
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.750.38771400.33612678281899
1.75-1.820.30671410.2772671281299
1.82-1.890.30441410.248526962837100
1.89-1.980.29021430.224727082851100
1.98-2.080.27421430.225627122855100
2.08-2.210.27611420.215627252867100
2.21-2.380.2571440.220427292873100
2.38-2.620.26241450.217427472892100
2.62-30.25191460.219827712917100
3-3.780.21781460.202227822928100
3.78-27.770.19931540.173929183072100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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