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- PDB-7s76: HBV CAPSID Y132A WITH COMPOUND 10b AT 2.5A RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s76
タイトルHBV CAPSID Y132A WITH COMPOUND 10b AT 2.5A RESOLUTION
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / core / VIRAL PROTEIN / inhibitor / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8EI / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis B virus genotype A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Olland, A.M. / Suto, R.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022
タイトル: The identification of highly efficacious functionalised tetrahydrocyclopenta[ c ]pyrroles as inhibitors of HBV viral replication through modulation of HBV capsid assembly.
著者: Cole, A.G. / Kultgen, S.G. / Mani, N. / Ardzinski, A. / Fan, K.Y. / Thi, E.P. / Dorsey, B.D. / Stever, K. / Chiu, T. / Tang, S. / Daly, O. / Phelps, J.R. / Harasym, T. / Olland, A. / Suto, R.K. / Sofia, M.J.
履歴
登録2021年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: Capsid protein
F: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,70912
ポリマ－108,0276
非ポリマー2,6816
水00
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9034
ポリマ－36,0092
非ポリマー8942
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area14070 Å2
手法PISA
2
C: Capsid protein
D: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9034
ポリマ－36,0092
非ポリマー8942
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
3
E: Capsid protein
F: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9034
ポリマ－36,0092
非ポリマー8942
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.239, 88.306, 103.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEUAA0 - 1433 - 146
21SERSERLEULEUBB0 - 1433 - 146
12SERSERTHRTHRAA0 - 1423 - 145
22SERSERTHRTHRCC0 - 1423 - 145
13METMETTHRTHRAA1 - 1424 - 145
23METMETTHRTHRDD1 - 1424 - 145
14SERSERTHRTHRAA0 - 1423 - 145
24SERSERTHRTHREE0 - 1423 - 145
15SERSERTHRTHRAA0 - 1423 - 145
25SERSERTHRTHRFF0 - 1423 - 145
16SERSERTHRTHRBB0 - 1423 - 145
26SERSERTHRTHRCC0 - 1423 - 145
17METMETTHRTHRBB1 - 1424 - 145
27METMETTHRTHRDD1 - 1424 - 145
18SERSERTHRTHRBB0 - 1423 - 145
28SERSERTHRTHREE0 - 1423 - 145
19SERSERTHRTHRBB0 - 1423 - 145
29SERSERTHRTHRFF0 - 1423 - 145
110METMETTHRTHRCC1 - 1424 - 145
210METMETTHRTHRDD1 - 1424 - 145
111SERSERTHRTHRCC0 - 1423 - 145
211SERSERTHRTHREE0 - 1423 - 145
112SERSERTHRTHRCC0 - 1423 - 145
212SERSERTHRTHRFF0 - 1423 - 145
113METMETTHRTHRDD1 - 1424 - 145
213METMETTHRTHREE1 - 1424 - 145
114METMETTHRTHRDD1 - 1424 - 145
214METMETTHRTHRFF1 - 1424 - 145
115SERSERTHRTHREE0 - 1423 - 145
215SERSERTHRTHRFF0 - 1423 - 145

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

#1: タンパク質
Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5


分子量: 18004.578 Da / 分子数: 6 / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype A (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7R9I1
#2: 化合物
ChemComp-8EI / (1-methyl-1H-1,2,4-triazol-3-yl)methyl {(4S)-1-[(3-chloro-4-fluorophenyl)carbamoyl]-2-methyl-2,4,5,6-tetrahydrocyclopenta[c]pyrrol-4-yl}carbamate


分子量: 446.863 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20ClFN6O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.89 % / 解説: hexagonal plates
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 3350, 10 to 14% (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 8 to 10% isopropanol, and 100 mM ammonium citrate/citric acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 46072 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.33 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 7351 / CC1/2: 0.742 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E0I

5e0i


解像度: 2.5→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 25.264 / SU ML: 0.453 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2975 2307 5 %RANDOM
Rwork0.2696 ---
obs0.271 43745 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 238.45 Å2 / Biso mean: 67.483 Å2 / Biso min: 30.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.38 Å2-0 Å22.21 Å2
2---7.75 Å20 Å2
3---12.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6280 0 186 0 6466
Biso mean--90.31 --
残基数----800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0136677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6611.6819164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1521.5913951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2275788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.63320.825303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.29615944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.5981540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.027366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021508
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A43700.05
12B43700.05
21A42690.06
22C42690.06
31A42280.06
32D42280.06
41A42060.06
42E42060.06
51A40470.06
52F40470.06
61B42880.04
62C42880.04
71B42400.06
72D42400.06
81B42090.06
82E42090.06
91B40560.04
92F40560.04
101C41900.06
102D41900.06
111C41990.06
112E41990.06
121C40760.05
122F40760.05
131D41460.07
132E41460.07
141D40130.04
142F40130.04
151E40470.05
152F40470.05
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.499 173 -
Rwork0.503 3163 -
all-3336 -
obs--97.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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