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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rwq | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of BPTF bromodomain in complex with 4-chloro-2-methyl-5-[(1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-6-yl)amino]pyridazin-3(2H)-one | |||||||||
要素 | Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF | |||||||||
キーワード | GENE REGULATION/INHIBITOR / BRD4 / GENE REGULATION / GENE REGULATION-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / embryonic placenta development / ATPase complex / methylated histone binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding ...NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / embryonic placenta development / ATPase complex / methylated histone binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / dendrite / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zahid, H. / Buchholz, C. / Johnson, J.A. / Shi, K. / Aihara, H. / Pomerantz, W.C.K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: New Design Rules for Developing Potent Cell-Active Inhibitors of the Nucleosome Remodeling Factor (NURF) via BPTF Bromodomain Inhibition. 著者: Zahid, H. / Buchholz, C.R. / Singh, M. / Ciccone, M.F. / Chan, A. / Nithianantham, S. / Shi, K. / Aihara, H. / Fischer, M. / Schonbrunn, E. / Dos Santos, C.O. / Landry, J.W. / Pomerantz, W.C.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rwq.cif.gz | 72 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rwq.ent.gz | 50.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rwq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/7rwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/7rwq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7lp0C 7lpkC 7lrkC 7lroC 7rwnC 7rwoC 7rwpC 7jt4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15408.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPTF, FAC1, FALZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12830 |
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#2: 化合物 | ChemComp-7XE / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% (v/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→71.22 Å / Num. obs: 10748 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 19.92 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 19653 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7jt4 解像度: 1.9→48.54 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.08 Å2 / Biso mean: 21.7955 Å2 / Biso min: 10.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→48.54 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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