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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rv0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with OICR-8446 | ||||||
要素 | B-cell lymphoma 6 protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / immunity / inflammatory response / transcription repressor / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of cell differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / heterochromatin formation / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein localization / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Kuntz, D.A. / Prive, G.G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with OICR-8446 著者: Watson, I. / Isaac, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rv0.cif.gz | 95.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rv0.ent.gz | 69.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rv0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rv0_validation.pdf.gz | 775.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rv0_full_validation.pdf.gz | 775.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rv0_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rv0_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/7rv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/7rv0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1r29S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14559.823 Da / 分子数: 1 / 変異: C8Q, C67R, C84N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P41182 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-7RL / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: sodium formate, sodium acetate, pH 4.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→27.54 Å / Num. obs: 20085 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17.99 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2953 / Rpim(I) all: 0.364 / Rrim(I) all: 0.578 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1R29 解像度: 1.45→27.54 Å / SU ML: 0.1392 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.76 / 位相誤差: 20.5235 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→27.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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