PDB-7rgy: Crystal structure of human galectin-3 CRD in complex with Methyl ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rgy

タイトル

Crystal structure of human galectin-3 CRD in complex with Methyl 2-O-(2-nitro-4-chloro)-benzoyl-3-O-toluoyl-b-D-talopyranoside

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrates-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.337 Å

データ登録者

Collins, P.M. / Kishor, C. / Blanchard, H.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Novel Selective Galectin-3 Antagonists Are Cytotoxic to Acute Lymphoblastic Leukemia.
著者: Bum-Erdene, K. / Collins, P.M. / Hugo, M.W. / Tarighat, S.S. / Fei, F. / Kishor, C. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Groffen, J. / Grice, I.D. / Heisterkamp, N. / Blanchard, H.

履歴

登録	2021年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rgy.cif.gz	52.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rgy.ent.gz	33.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rgy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rgy_validation.pdf.gz	776.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rgy_full_validation.pdf.gz	776.3 KB	表示
XML形式データ	7rgy_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	7rgy_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/7rgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/7rgy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rgxC 7rgzC 7rh0C 7rh1C 7rh3C 7rh4C 2nmoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.550, 58.096, 62.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15735.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-59O / methyl 2-O-(4-chloro-2-nitrobenzoyl)-3-O-(4-methylbenzoyl)-beta-D-talopyranoside 分子量: 495.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂ClNO₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 31% PEG 6000, 100mM MgCl2, 8mM beta mercaptoethanol, 100mM Tris-HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.337→42.69 Å / Num. obs: 27768 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 1.337→1.36 Å / R_merge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 440

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NMO

2nmo

解像度: 1.337→31.625 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 0.902 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1901	1295	4.664 %
R_work	0.1671	26473	-
all	0.168	-	-
obs	-	27768	89.542 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.848 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.337→31.625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1109	0	36	214	1359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.898	1.636	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.355	1.609	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.527	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.202	21.884	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.785	15	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.831	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.016	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	563
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.168	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.057	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.267	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.09	1.061	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.089	1.059	565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.538	1.593	711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.538	1.595	712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.98	1.364	635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.919	1.356	632
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.02	1.966	924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.976	1.964	924
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.04	14.474	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.039	14.495	1254

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.337-1.372	0.254	30	0.258	544	X-RAY DIFFRACTION	25.4998
1.372-1.409	0.257	61	0.23	1222	X-RAY DIFFRACTION	58.6112
1.409-1.45	0.226	67	0.205	1753	X-RAY DIFFRACTION	85.1263
1.45-1.495	0.208	101	0.188	1913	X-RAY DIFFRACTION	96.8269
1.495-1.544	0.246	92	0.18	1858	X-RAY DIFFRACTION	97.1599
1.544-1.598	0.167	94	0.165	1827	X-RAY DIFFRACTION	97.8106
1.598-1.658	0.234	94	0.168	1775	X-RAY DIFFRACTION	97.8022
1.658-1.726	0.179	71	0.157	1702	X-RAY DIFFRACTION	98.7194
1.726-1.802	0.18	85	0.155	1651	X-RAY DIFFRACTION	98.7486
1.802-1.89	0.201	48	0.177	1599	X-RAY DIFFRACTION	99.0379
1.89-1.992	0.179	65	0.165	1542	X-RAY DIFFRACTION	99.3816
1.992-2.113	0.237	69	0.16	1428	X-RAY DIFFRACTION	99.3364
2.113-2.258	0.161	69	0.16	1360	X-RAY DIFFRACTION	99.3741
2.258-2.439	0.176	72	0.16	1269	X-RAY DIFFRACTION	99.5546
2.439-2.67	0.235	57	0.168	1169	X-RAY DIFFRACTION	99.6748
2.67-2.984	0.179	53	0.178	1071	X-RAY DIFFRACTION	99.3811
2.984-3.443	0.208	73	0.16	928	X-RAY DIFFRACTION	99.7012
3.443-4.21	0.174	45	0.145	820	X-RAY DIFFRACTION	99.8845
4.21-5.925	0.135	18	0.158	661	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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