PDB-7rgx: Crystal structure of human galectin-3 CRD in complex with Methyl ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rgx

タイトル

Crystal structure of human galectin-3 CRD in complex with Methyl 2-O-(2-nitrobenzoyl)-3-O-(4-methylbenzoyl)-b-D-talopyranoside

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Bum-Erdene, K. / Kishor, C. / Blanchard, H.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Novel Selective Galectin-3 Antagonists Are Cytotoxic to Acute Lymphoblastic Leukemia.
著者: Bum-Erdene, K. / Collins, P.M. / Hugo, M.W. / Tarighat, S.S. / Fei, F. / Kishor, C. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Groffen, J. / Grice, I.D. / Heisterkamp, N. / Blanchard, H.

履歴

登録	2021年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rgx.cif.gz	51.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rgx.ent.gz	32.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rgx_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rgx_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7rgx_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	7rgx_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/7rgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/7rgx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rgyC 7rgzC 7rh0C 7rh1C 7rh3C 7rh4C 2nmoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.260, 57.820, 61.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15735.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-57I / methyl 3-O-(4-methylbenzoyl)-2-O-(2-nitrobenzoyl)-beta-D-talopyranoside 分子量: 461.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃NO₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 31% PEG 6000, 100mM MgCL2, 8mM beta mercaptoethanol, 100mM Tris-HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→42.23 Å / Num. obs: 16853 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.58→1.63 Å / R_merge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 814

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NMO

2nmo

解像度: 1.58→30.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 2.013 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2273	820	5.05 %
R_work	0.1864	15418	-
all	0.188	-	-
obs	-	16238	92.937 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.042 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.037 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→30.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1109	0	34	135	1278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	1.697	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.342	1.621	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.275	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.389	22	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.618	15	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.659	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.029	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	568
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	655
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.157	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.277	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.252	1.402	569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.242	1.399	568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.736	2.097	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.735	2.101	715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.953	1.69	673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.952	1.69	674
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.979	2.452	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.978	2.453	978
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.279	17.648	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.275	17.622	1313

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.58-1.621	0.265	42	0.247	748	0.248	1264	0.886	0.903	62.5	0.23
1.621-1.665	0.265	41	0.236	828	0.238	1233	0.89	0.898	70.4785	0.216
1.665-1.713	0.298	49	0.221	891	0.225	1210	0.874	0.904	77.686	0.2
1.713-1.766	0.217	62	0.211	1000	0.211	1159	0.914	0.921	91.6307	0.186
1.766-1.824	0.219	61	0.21	1068	0.21	1140	0.924	0.925	99.0351	0.188
1.824-1.887	0.241	61	0.208	1022	0.21	1086	0.918	0.929	99.7238	0.191
1.887-1.958	0.224	59	0.195	1003	0.197	1065	0.922	0.934	99.7183	0.181
1.958-2.038	0.285	54	0.196	965	0.201	1021	0.917	0.935	99.8041	0.186
2.038-2.128	0.233	48	0.204	933	0.206	984	0.922	0.931	99.6951	0.196
2.128-2.232	0.288	43	0.199	897	0.202	943	0.892	0.934	99.6819	0.192
2.232-2.352	0.241	48	0.199	853	0.201	901	0.922	0.935	100	0.195
2.352-2.493	0.226	50	0.177	805	0.18	856	0.933	0.951	99.8832	0.178
2.493-2.664	0.243	37	0.172	769	0.175	807	0.925	0.956	99.8761	0.175
2.664-2.876	0.206	31	0.172	724	0.174	755	0.941	0.952	100	0.178
2.876-3.148	0.253	28	0.179	668	0.182	696	0.934	0.947	100	0.191
3.148-3.515	0.171	30	0.174	615	0.174	645	0.962	0.956	100	0.192
3.515-4.05	0.199	24	0.162	538	0.164	562	0.96	0.963	100	0.181
4.05-4.939	0.191	25	0.145	473	0.147	498	0.958	0.975	100	0.167
4.939-6.898	0.222	20	0.193	376	0.195	396	0.964	0.96	100	0.219
6.898-30.96	0.199	7	0.214	242	0.213	250	0.953	0.959	99.6	0.256

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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