[日本語] English
万見
- PDB-7r2b: PI3Kdelta in complex with an inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r2b
タイトルPI3Kdelta in complex with an inhibitor
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
キーワードHYDROLASE / kinase / complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex ...Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / B cell homeostasis / B cell activation / phosphatidylinositol-mediated signaling / homeostasis of number of cells / defense response to fungus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / kinase activity / adaptive immune response / cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of gene expression / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain ...PI3Kdelta, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H5I / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gutmann, S. / Rummel, G. / Shrestha, B.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Not funded スイス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification of NVP-CLR457 as an Orally Bioavailable Non-CNS-Penetrant pan-Class IA Phosphoinositol-3-Kinase Inhibitor.
著者: Fairhurst, R.A. / Furet, P. / Imbach-Weese, P. / Stauffer, F. / Rueeger, H. / McCarthy, C. / Ripoche, S. / Oswald, S. / Arnaud, B. / Jary, A. / Maira, M. / Schnell, C. / Guthy, D.A. / ...著者: Fairhurst, R.A. / Furet, P. / Imbach-Weese, P. / Stauffer, F. / Rueeger, H. / McCarthy, C. / Ripoche, S. / Oswald, S. / Arnaud, B. / Jary, A. / Maira, M. / Schnell, C. / Guthy, D.A. / Wartmann, M. / Kiffe, M. / Desrayaud, S. / Blasco, F. / Widmer, T. / Seiler, F. / Gutmann, S. / Knapp, M. / Caravatti, G.
履歴
登録2022年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2492
ポリマ－107,8241
非ポリマー4251
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area34490 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)142.29, 64.056, 117.185
Angle α, β, γ (deg.)90, 103.19, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / PI3-kinase subunit delta / PI3K-delta / PI3Kdelta / PtdIns-3-kinase subunit delta / ...PI3-kinase subunit delta / PI3K-delta / PI3Kdelta / PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit delta / PtdIns-3-kinase subunit p110-delta / p110delta


分子量: 107823.664 Da / 分子数: 1 / 断片: P110 SUBUNIT, UNP RESIDUES 106-1044 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pik3cd
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O35904, phosphatidylinositol 3-kinase, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-H5I / (4~{S})-3-[6-[2-azanyl-4-(trifluoromethyl)pyrimidin-5-yl]-2-morpholin-4-yl-pyrimidin-4-yl]-4-methyl-1,3-oxazolidin-2-one


分子量: 425.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18F3N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4 mM NaNO4,36mM AS,.9mM Na2HPO4,13.1% glycerol, 9.1% PEG4000, 0.1M imidazole pH6.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.515→114.095 Å / Num. obs: 35003 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.515→2.558 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1742 / CC1/2: 0.745 / Rpim(I) all: 0.401

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (3-FEB-2022)精密化
autoPROC1.1.7 (20-OCT-2021)データ削減
autoPROC1.1.7 (20-OCT-2021)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IS5

5is5


解像度: 2.7→58.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.697 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.664 / SU Rfree Blow DPI: 0.322 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.329
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 1420 -RANDOM
Rwork0.2224 ---
obs0.2247 28306 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3417 Å20 Å2-3.1238 Å2
2---10.0902 Å20 Å2
3---8.7485 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→58.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5815 0 30 126 5971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085972HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.938114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1912SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1035HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5972HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion805SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4670SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.85
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.72 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 29 -
Rwork0.2308 --
obs0.2316 567 100 %
精密化 TLSOrigin x: 18.5075 Å / Origin y: -15.4869 Å / Origin z: -28.2877 Å
111213212223313233
T-0.1135 Å2-0.1486 Å2-0.0218 Å2--0.0462 Å20.0065 Å2---0.0828 Å2
L0.7783 °20.1087 °2-0.2866 °2-0.9287 °2-0.1053 °2--3.2146 °2
S-0.087 Å °-0.0578 Å °-0.2892 Å °-0.0578 Å °0.011 Å °0.7821 Å °-0.2892 Å °0.7821 Å °0.0759 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る