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- PDB-7r0a: Structure of sarin phosphonylated acetylcholinesterase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r0a
タイトルStructure of sarin phosphonylated acetylcholinesterase in complex with 2-((hydroxyimino)methyl)-1-(5-(4-methyl-3-nitrobenzamido)pentyl)pyridinium
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / Complex / sarin phosphonylated / reactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / synaptic cleft / laminin binding / synapse assembly / collagen binding / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / : / retina development in camera-type eye / nuclear envelope / presynaptic membrane / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-ethyl-4-methyl-3-nitro-benzamide / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Forsgren, N. / Lindgren, C. / Edvinsson, L. / Linusson, A. / Ekstrom, F.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Other government
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2022
タイトル: Broad-Spectrum Antidote Discovery by Untangling the Reactivation Mechanism of Nerve-Agent-Inhibited Acetylcholinesterase.
著者: Lindgren, C. / Forsgren, N. / Hoster, N. / Akfur, C. / Artursson, E. / Edvinsson, L. / Svensson, R. / Worek, F. / Ekstrom, F. / Linusson, A.
履歴
登録2022年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,23916
ポリマ－119,7692
非ポリマー2,47014
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area38390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.848, 108.968, 227.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 59884.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sarin phosphonylation product covalently attached to Ser203
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ache / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 101分子

#2: 化合物 ChemComp-I4H / ~{N}-ethyl-4-methyl-3-nitro-benzamide


分子量: 208.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-P15 / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / ヘキサエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 296.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28O7
#6: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28-30 % (w/v) PEG750MME 0.1 M HEPES pH 6.9-7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.6 Å / Num. obs: 48643 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 47.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Num. unique obs: 6969 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1J06

1j06


解像度: 2.8→45.9716 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 956 1.97 %
Rwork0.1709 47529 -
obs0.1719 48485 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.33 Å2 / Biso mean: 50.17 Å2 / Biso min: 20.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→45.9716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8374 0 165 90 8629
Biso mean--78.32 40.43 -
残基数----1072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14512386
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.023330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8-2.94760.27271390.238366376776
2.9476-3.13220.31541570.218266816838
3.1322-3.3740.26321150.21367436858
3.374-3.71340.2211480.178267476895
3.7134-4.25040.24641220.15167676889
4.2504-5.35380.16051380.136868456983
5.3538-45.97160.18741370.159771097246
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7015-1.1566-0.3911.7033-0.84044.0591-0.15-0.47670.04580.36730.20770.0386-0.1674-0.015-0.10230.4932-0.0476-0.04110.3545-0.03050.286829.007112.606741.4258
21.945-0.0942-0.31111.4375-0.2913.4725-0.0268-0.2566-0.08770.12170.0075-0.01920.22340.05030.02970.30250.0005-0.03970.22890.02710.223332.161310.377823.7765
33.31011.5833.74662.21170.55615.6325-0.20470.3950.0520.06-0.0123-0.214-0.26240.88070.20840.29350.05120.04130.43790.10110.315747.590217.11711.8184
48.87050.513-0.63522.99010.9472.3342-0.29370.1857-1.20720.04420.1812-0.13390.8272-0.01460.05780.5622-0.04870.01960.32980.05720.293330.0338-1.99511.4151
51.619-0.1058-0.1041.6297-0.56554.34010.04080.08110.0222-0.12570.00240.2125-0.0273-0.3987-0.05650.2085-0.0322-0.04920.31060.01560.295918.521816.81285.8577
64.462-1.56662.8457.5417-1.1833.3629-0.1834-0.2154-0.68160.14910.1190.8750.5191-1.61860.21360.4715-0.29830.00110.7980.03490.49976.47281.179313.4614
70.7232-0.5888-2.07062.63192.73337.90180.16580.0316-0.2913-0.3999-0.26630.30250.3173-0.39550.11860.4676-0.0037-0.2040.60740.02370.361116.49866.162-0.4384
85.9381-0.9902-2.49042.39410.23316.23240.38510.6840.0341-0.3102-0.19130.24550.0391-0.8894-0.19570.48060.0293-0.11020.4817-0.13250.3547-3.63346.1985-62.047
90.8125-0.36970.01721.6398-0.11253.44410.19040.1988-0.1332-0.18-0.25960.22240.7292-0.06130.04610.58-0.0243-0.04580.5132-0.15540.30575.6183-4.1959-53.4294
103.30560.50340.29492.21110.44013.2850.1380.3575-0.0787-0.4065-0.2380.32680.2373-0.60130.12150.4029-0.0016-0.06230.4333-0.07070.2272-0.88444.2174-50.9168
116.0848-3.43531.0244.4532-0.72713.54220.30430.6407-0.2787-0.2916-0.13770.0932-0.01030.4292-0.1630.32840.0135-0.05290.4102-0.10780.237512.49087.0062-54.2203
122.9269-1.00950.00682.18110.53333.51990.20530.2095-0.0586-0.1083-0.0999-0.1122-0.07160.5344-0.08830.3874-0.0232-0.02370.4152-0.0620.191315.00078.3706-44.3915
131.6817-0.9404-1.91043.50282.07042.598-0.20680.1328-0.26-0.00010.1093-0.14330.99660.64110.22450.6090.1897-0.1410.5666-0.0670.433723.3624-9.4632-47.4196
145.8104-3.1843-2.96783.41081.6094.73720.38350.00290.8781-0.0973-0.2026-0.6455-0.42350.5962-0.15470.4483-0.0374-0.10510.4054-0.01650.382717.798114.6824-40.1664
155.22880.20911.03853.8526-0.09133.79840.338-0.0977-0.6210.28960.03130.05030.72320.0874-0.37990.7087-0.0053-0.10230.31180.02190.350114.3746-6.5942-21.9612
162.5636-0.0278-0.25482.8732-1.2382.55470.2718-0.151-0.1980.4772-0.1714-0.06230.04980.0459-0.09160.4623-0.0667-0.02830.3274-0.09440.21657.84454.8181-24.4069
173.16750.07011.03285.1924-2.44586.70950.171-0.0975-0.16060.3007-0.03560.49130.3807-1.1391-0.15850.4125-0.01710.02340.4809-0.13650.3162-7.48336.1514-35.4143
184.321.4037-2.91637.24520.90965.08210.3195-0.08950.881-0.0533-0.09570.4234-0.2542-0.7949-0.11460.5040.076-0.02920.4342-0.01690.337-1.253322.0083-28.7332
195.96620.47393.8231.18620.0632.55550.2650.1929-0.3256-0.0157-0.19960.0268-0.19650.1151-0.06870.6865-0.0362-0.0440.4683-0.02350.251512.730311.0259-21.9039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 45 )A1 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 255 )A46 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 256 through 298 )A256 - 298
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 299 through 331 )A299 - 331
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 332 through 486 )A332 - 486
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 487 through 513 )A487 - 513
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 514 through 542 )A514 - 542
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 4 through 45 )B4 - 45
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 46 through 86 )B46 - 86
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 87 through 142 )B87 - 142
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 143 through 190 )B143 - 190
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 191 through 255 )B191 - 255
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 256 through 298 )B256 - 298
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 299 through 331 )B299 - 331
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 332 through 382 )B332 - 382
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 383 through 440 )B383 - 440
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 441 through 486 )B441 - 486
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 487 through 513 )B487 - 513
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 514 through 543 )B514 - 543

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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