+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qy8 | ||||||
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Title | The structure of T. forsythia NanH | ||||||
Components | BNR/Asp-box repeat protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Sialidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Tannerella forsythia (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.06 Å | ||||||
Authors | Rafferty, J. / Stafford, G. / Satur, M. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2022 Title: Structural and functional characterisation of a stable, broad-specificity multimeric sialidase from the oral pathogen Tannerella forsythia. Authors: Satur, M.J. / Urbanowicz, P.A. / Spencer, D.I.R. / Rafferty, J. / Stafford, G.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qy8.cif.gz | 728.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qy8.ent.gz | 591.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qy8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qy8_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7qy8_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 7qy8_validation.xml.gz | 41 KB | Display | |
Data in CIF | 7qy8_validation.cif.gz | 57.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qy8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7qxoC 7qy9C 7qyjC 7qypC 7qz3C 4bbwS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 34 - 552 / Label seq-ID: 1 - 519
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 57350.672 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D237A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tannerella forsythia (bacteria) Strain: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 33226 / KCTC 5666 / FDC 338 Gene: BFO_2207 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G8UIQ1 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 7% PEG6000 0.1M HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.97795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.06→72.901 Å / Num. obs: 71921 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 25.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.06→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 2.964 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3491 / CC1/2: 0.797 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4bbw Resolution: 2.06→72.901 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 16.71 / SU ML: 0.207 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.206 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.9 Å / Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.091 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.06→72.901 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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