PDB-7qxo: The structure of T. forsythia NanH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qxo

タイトル

The structure of T. forsythia NanH

要素

BNR/Asp-box repeat protein

キーワード

HYDROLASE / Sialidase

機能・相同性

Sialidase, N-terminal / N-terminal domain of BNR-repeat neuraminidase / BNR repeat-like domain / exo-alpha-sialidase activity / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / Chem-GHD / BNR/Asp-box repeat protein

機能・相同性情報

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rafferty, J. / Stafford, G. / Satur, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterisation of a stable, broad-specificity multimeric sialidase from the oral pathogen Tannerella forsythia.
著者: Satur, M.J. / Urbanowicz, P.A. / Spencer, D.I.R. / Rafferty, J. / Stafford, G.P.

履歴

登録	2022年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qxo.cif.gz	733.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qxo.ent.gz	595.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qxo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qxo_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qxo_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7qxo_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	7qxo_validation.cif.gz	60 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/7qxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/7qxo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qy8C 7qy9C 7qyjC 7qypC 7qz3C 4bbwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BNR/Asp-box repeat protein

B: BNR/Asp-box repeat protein

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.868, 79.868, 349.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 34 - 552 / Label seq-ID: 1 - 519

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	BNR/Asp-box repeat protein 分子量: 57350.672 Da / 分子数: 2 / 変異: D237A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 株: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 33226 / KCTC 5666 / FDC 338 遺伝子: BFO_2207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UIQ1
#2: 化合物	ChemComp-GHD / (2~{R},4~{S},5~{S},6~{S})-5-acetamido-4-oxidanyl-6-[(1~{R},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]-2-[[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-1,2,4,5-tetrakis(oxidanyl)-6-oxidanylidene-hexan-3-yl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxane-2-carboxylic acid 分子量: 633.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₉NO₁₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.37 % / 解説: bipyramid
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 7% PEG6000 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→72.64 Å / Num. obs: 90670 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.3 % / CC_1/2: 0.964 / R_merge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 2.525 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4317 / CC_1/2: 0.668 / % possible all: 98.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bbw

4bbw

解像度: 1.9→72.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 13.034 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.177 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2903	4483	4.954 %
R_work	0.2518	86014	-
all	0.254	-	-
obs	-	90497	99.89 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.051 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.763 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.763 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.527 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→72.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8044	0	86	393	8523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	8295
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	7816
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.411	1.646	11275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.177	1.58	17975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.958	5	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.228	21.193	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.527	15	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.757	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	7692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.146	0.2	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	4043
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.106	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.158	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.92	2.847	4155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.92	2.847	4154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.405	4.266	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.405	4.266	5193
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.988	2.998	4140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.988	2.999	4141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.571	4.458	6083
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.571	4.458	6084
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.743	33.5	8829
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.826	33.344	8777
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.084	0.05	16695

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08414	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08414	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.407	298	0.396	6224	X-RAY DIFFRACTION	98.7882
1.949-2.002	0.33	321	0.341	6066	X-RAY DIFFRACTION	99.9687
2.002-2.06	0.324	318	0.326	5914	X-RAY DIFFRACTION	99.9679
2.06-2.124	0.356	310	0.312	5774	X-RAY DIFFRACTION	99.9671
2.124-2.193	0.291	266	0.288	5596	X-RAY DIFFRACTION	99.9659
2.193-2.27	0.327	313	0.335	5414	X-RAY DIFFRACTION	99.9476
2.27-2.356	0.332	284	0.286	5269	X-RAY DIFFRACTION	99.964
2.356-2.452	0.337	273	0.281	5019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.452-2.561	0.305	241	0.265	4875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.561-2.686	0.343	247	0.267	4660	X-RAY DIFFRACTION	99.9796
2.686-2.831	0.341	243	0.258	4425	X-RAY DIFFRACTION	99.9786
2.831-3.003	0.318	196	0.255	4227	X-RAY DIFFRACTION	100
3.003-3.211	0.304	199	0.256	3995	X-RAY DIFFRACTION	99.9523
3.211-3.468	0.311	201	0.256	3728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.468-3.799	0.287	159	0.246	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
3.799-4.247	0.26	156	0.224	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
4.247-4.904	0.229	151	0.2	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
4.904-6.006	0.249	133	0.206	2396	X-RAY DIFFRACTION	100
6.006-8.492	0.224	108	0.185	1901	X-RAY DIFFRACTION	100
8.492-72.64	0.249	66	0.232	1146	X-RAY DIFFRACTION	99.7531

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9887	-0.1724	0.0366	1.2827	0.7712	1.4498	-0.106	-0.1641	0.1549	0.181	0.0264	0.0392	0.0068	0.1794	0.0796	0.0408	-0.0002	-0.011	0.0633	-0.0194	0.0289	0.8416	15.8929	34.234
2	1.4112	0.0021	-0.3532	0.8892	0.2887	0.7164	0.014	-0.0417	-0.1125	0.0894	-0.0267	-0.1396	0.2753	0.2677	0.0127	0.1283	0.1222	-0.0033	0.163	0.0591	0.0843	18.9002	-17.1046	13.2693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	34 - 552
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	34 - 552

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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