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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qxo | ||||||
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Title | The structure of T. forsythia NanH | ||||||
![]() | BNR/Asp-box repeat protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / Sialidase | ||||||
Function / homology | ![]() exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rafferty, J. / Stafford, G. / Satur, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and functional characterisation of a stable, broad-specificity multimeric sialidase from the oral pathogen Tannerella forsythia. Authors: Satur, M.J. / Urbanowicz, P.A. / Spencer, D.I.R. / Rafferty, J. / Stafford, G.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 733.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 595.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 60 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qy8C ![]() 7qy9C ![]() 7qyjC ![]() 7qypC ![]() 7qz3C ![]() 4bbwS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 34 - 552 / Label seq-ID: 1 - 519
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 57350.672 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D237A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 33226 / KCTC 5666 / FDC 338 Gene: BFO_2207 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.37 % / Description: bipyramid |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 7% PEG6000 0.1M HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→72.64 Å / Num. obs: 90670 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 25.3 % / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 2.525 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4317 / CC1/2: 0.668 / % possible all: 98.29 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4bbw Resolution: 1.9→72.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 13.034 / SU ML: 0.183 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.177 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.051 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→72.64 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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