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万見
- PDB-7qxc: Recognition of Staphylococcus aureus wall teichoic acid analogue ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qxc
タイトルRecognition of Staphylococcus aureus wall teichoic acid analogue SA533 (compound 1) by Fab4461
要素
  • Fab 4461 heavy chain
  • Fab 4461 light chain
キーワードCARBOHYDRATE / Antibody / Fab fragment / teichoic acid analogue
機能・相同性Chem-3CX / Chem-G6N / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.452 Å
データ登録者Soriano-Maldonado, P. / van Raaij, M.J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)BFU2017-82207-P スペイン
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: Antibody Recognition of Different Staphylococcus aureus Wall Teichoic Acid Glycoforms.
著者: Di Carluccio, C. / Soriano-Maldonado, P. / Berni, F. / de Haas, C.J.C. / Temming, A.R. / Hendriks, A. / Ali, S. / Molinaro, A. / Silipo, A. / van Sorge, N.M. / van Raaij, M.J. / Codee, J.D.C. / Marchetti, R.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
HHH: Fab 4461 heavy chain
LLL: Fab 4461 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0508
ポリマ－49,6052
非ポリマー1,4456
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.191, 65.448, 74.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.899, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HHHLLL

#1: 抗体 Fab 4461 heavy chain


分子量: 25147.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab 4461 light chain


分子量: 24458.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 430分子

#3: 化合物 ChemComp-3CX / (2S)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid


分子量: 237.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO4S
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-G6N / [(2~{S},3~{S},4~{R})-4-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2,3-bis(oxidanyl)-5-[oxidanyl-[(2~{R})-2-oxidanylpropoxy]phosphoryl]oxy-pentyl] [(2~{R},3~{S},4~{S})-2,3,4,5-tetrakis(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 783.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H47NO24P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 10 mM Tris-HCl; 250 mM sodium chloride; 12.9 % w/v polyethylene glycol 20,000; 150 mM CAPSO pH 9.5; 6 % v/v polyethylene glycol 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→53.51 Å / Num. obs: 87656 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 10648 / CC1/2: 0.608 / Rpim(I) all: 0.406 / Rrim(I) all: 0.593 / % possible all: 80.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSJanuary 2020データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: separate constant and variable domains of PDB entry 5I1D

5i1d


解像度: 1.452→53.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.231 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 4368 4.987 %
Rwork0.1743 83220 -
all0.176 --
obs-87588 96.54 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.016 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.415 Å20 Å2-0.061 Å2
2--0.101 Å2-0 Å2
3---0.269 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.452→53.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3317 0 88 424 3829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133489
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.6524738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3521.5787374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1525434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74223.032155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.90815540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1321514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0290.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1780.22885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.21653
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.21815
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2210.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2370.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1210.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2310.229
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0840.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9432.1991739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.942.1971738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2013.2912169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.23.2932170
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6132.5161750
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6132.5181751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.083.6262568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0793.6282569
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.35627.1053741
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.30226.5623654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.452-1.530.3425290.33510122X-RAY DIFFRACTION80.7934
1.53-1.6230.2555940.24611849X-RAY DIFFRACTION99.5679
1.623-1.7350.2175870.19511088X-RAY DIFFRACTION99.5396
1.735-1.8740.2095300.18210342X-RAY DIFFRACTION99.5604
1.874-2.0530.214910.1779492X-RAY DIFFRACTION99.4719
2.053-2.2950.1994470.1738627X-RAY DIFFRACTION99.5284
2.295-2.6490.2064030.1627645X-RAY DIFFRACTION99.4194
2.649-3.2420.1993620.1666354X-RAY DIFFRACTION98.3597
3.242-4.5760.1642340.154920X-RAY DIFFRACTION97.3923
4.576-53.510.191900.1692764X-RAY DIFFRACTION98.3683

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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