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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qwy | ||||||
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タイトル | BAZ2A bromodomain in complex with acetylpyrrole derivative compound 61 | ||||||
![]() | Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / four helical bundle | ||||||
機能・相同性 | ![]() NoRC complex / : / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / heterochromatin formation / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding ...NoRC complex / : / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / heterochromatin formation / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / NoRC negatively regulates rRNA expression / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Caflisch, A. / Lolli, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Identification of a BAZ2A-Bromodomain Hit Compound by Fragment Growing. 著者: Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Batiste, L. / Marchand, J.R. / Spiliotopoulos, D. / Corsi, J. / D'Agostino, V.G. / Caflisch, A. / Lolli, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 737.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 737.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7b7bC ![]() 7b7gC ![]() 7b7iC ![]() 7b82C ![]() 7bc2C ![]() 7qvtC ![]() 7qvuC ![]() 7qvvC ![]() 7qwfC ![]() 7qwuC ![]() 7qx2C ![]() 7qx9C ![]() 7qxlC ![]() 7qyeC ![]() 7qyoC ![]() 7qytC ![]() 7qyuC ![]() 7qyvC ![]() 7qywC ![]() 7qz0C ![]() 7qz4C ![]() 7qzbC ![]() 7qzcC ![]() 7qziC ![]() 7qztC ![]() 7r01C ![]() 7r0bC ![]() 5mgjS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12380.919 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 1796-1899) 変異: First two residues SM derive from the expression tag 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-G0I / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 % / Mosaicity: 0.22 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9133 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.44→47.183 Å / Num. obs: 6468 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 45.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 15.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5MGJ 解像度: 2.443→47.183 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.51 Å2 / Biso mean: 62.2735 Å2 / Biso min: 36.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.443→47.183 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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