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- PDB-7qug: Crystal structure of carbon-sulfur lyase FnaPatB1 from Fusobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qug
タイトルCrystal structure of carbon-sulfur lyase FnaPatB1 from Fusobacterium nucleatum subspecies animalis in complex with allyl-cysteine
要素carbon-sulfur lyase FnaPatB1
キーワードLYASE / carbon-sulfur lyase / PLP-dependent aminotransferase
機能・相同性ACETATE ION / CACODYLATE ION / allyl-cysteine
機能・相同性情報
生物種Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schwartz, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Institute of Agricultural Research (INRAE) フランス
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2022
タイトル: Metabolism of Cysteine Conjugates and Production of Flavor Sulfur Compounds by a Carbon-Sulfur Lyase from the Oral Anaerobe Fusobacterium nucleatum.
著者: Neiers, F. / Gourrat, K. / Canon, F. / Schwartz, M.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: carbon-sulfur lyase FnaPatB1
B: carbon-sulfur lyase FnaPatB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6125
ポリマ－95,2552
非ポリマー3573
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area30890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)106.049, 106.049, 204.062
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETARGARG(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 38 through 397))AA1 - 101 - 10
12ASPASPLYSLYS(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 38 through 397))AA38 - 39738 - 397
23METMETARGARG(chain 'B' and (resid 1 through 75 or (resid 76...BB1 - 101 - 10
24ASPASPLYSLYS(chain 'B' and (resid 1 through 75 or (resid 76...BB38 - 39738 - 397

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要素

#1: タンパク質 carbon-sulfur lyase FnaPatB1


分子量: 47627.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-I3L / allyl-cysteine / S-アリルシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 161.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40 % PEG 300, 0.2 M magnesium chloride in 0.1 M sodium cacodylate-HCl pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM07 / 波長: 0.979511 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979511 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.43 Å / Num. obs: 36686 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 59.73 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4403 / CC1/2: 0.71 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PHENIX1.17_3644精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QP2

6qp2


解像度: 2.6→19.29 Å / SU ML: 0.3497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3827
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 1860 5.1 %
Rwork0.2145 34629 -
obs0.2173 36489 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6355 0 19 10 6384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00876532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08538816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0579924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.70392438
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.670.33721420.2832605X-RAY DIFFRACTION99.93
2.67-2.750.31151490.25742602X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.840.29551420.26852623X-RAY DIFFRACTION99.96
2.84-2.940.35911470.25292606X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.060.31031450.24212638X-RAY DIFFRACTION99.93
3.06-3.190.31651390.23552642X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.360.29571140.23352650X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.570.2861320.22652661X-RAY DIFFRACTION99.96
3.57-3.840.29281560.20972634X-RAY DIFFRACTION99.96
3.84-4.230.2291390.19552690X-RAY DIFFRACTION100
4.23-4.830.24181390.18152702X-RAY DIFFRACTION100
4.83-6.050.23861480.21622724X-RAY DIFFRACTION100
6.06-19.290.24731680.20112852X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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