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万見
- PDB-7qg3: IRAK4 in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qg3
タイトルIRAK4 in complex with inhibitor
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
キーワードTRANSFERASE / Kinase inhibitor Interleukin-1 Receptor-Associated Kinase 4 Interleukin-1 signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / toll-like receptor signaling pathway / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / cell surface / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B4U / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Xue, Y. / Aagaard, A. / Robb, G.R. / Degorce, S.L.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Other private スウェーデン
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification and optimisation of a pyrimidopyridone series of IRAK4 inhibitors.
著者: Cumming, I.A. / Degorce, S.L. / Aagaard, A. / Braybrooke, E.L. / Davies, N.L. / Diene, C.R. / Eatherton, A.J. / Felstead, H.R. / Groombridge, S.D. / Lenz, E.M. / Li, Y. / Nai, Y. / Pearson, S. ...著者: Cumming, I.A. / Degorce, S.L. / Aagaard, A. / Braybrooke, E.L. / Davies, N.L. / Diene, C.R. / Eatherton, A.J. / Felstead, H.R. / Groombridge, S.D. / Lenz, E.M. / Li, Y. / Nai, Y. / Pearson, S. / Robb, G.R. / Scott, J.S. / Steward, O.R. / Wu, C. / Xue, Y. / Zhang, L. / Zhang, Y.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3394
ポリマ－69,4302
非ポリマー9092
水54030
1
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1702
ポリマ－34,7151
非ポリマー4551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1702
ポリマ－34,7151
非ポリマー4551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.330, 110.710, 142.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 34714.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-B4U / 6-[(2~{S})-2-fluoranylpropyl]-4-[(1-methylcyclopropyl)amino]-2-[[1-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-4-yl]amino]pyrido[4,3-d]pyrimidin-5-one


分子量: 454.544 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H31FN8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 2.7 M AMS 0.1 M Hepes pH 7.1-7.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→49.37 Å / Num. obs: 39631 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 55.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.11→2.19 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3712 / CC1/2: 0.364 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RFJ

6rfj


解像度: 2.11→44.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.277 / SU Rfree Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 1886 5.05 %RANDOM
Rwork0.272 ---
obs0.273 37347 93.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 217.08 Å2 / Biso min: 29.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.0638 Å20 Å20 Å2
2---7.3165 Å20 Å2
3---18.3803 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→44.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4452 0 66 30 4548
Biso mean--57.76 56.81 -
残基数----561
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1629SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes132HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes651HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4598HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion595SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5052SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4598HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6213HARMONIC21.21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.04
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 147 5.41 %
Rwork0.2458 2568 -
all0.2468 2715 -
obs--87.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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