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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q34 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the multidrug binding transcriptional regulator LmrR in complex squaraine dye | ||||||||||||
要素 | Helix-turn-helix transcriptional regulator | ||||||||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / artificial fluorescent proteins / color down-conversion / deep-red biophosphors / bio-hybrid light emitting diodes | ||||||||||||
機能・相同性 | Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Chem-8TF / NICKEL (II) ION / Helix-turn-helix transcriptional regulator 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liutkus, M. / Mejias, S.H. / Barolo, C. / Cortajarena, A.L. | ||||||||||||
資金援助 | スペイン, 3件
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引用 | ジャーナル: Adv Funct Mater / 年: 2022 タイトル: Designing Artificial Fluorescent Proteins: Squaraine-LmrR Biophosphors for High Performance Deep-Red Biohybrid Light-Emitting Diodes 著者: Ferrara, S. / Mejias, S.H. / Liutkus, M. / Renno, G. / Stella, F. / Kociolek, I. / Fuenzalida-Werner, J.P. / Barolo, C. / Coto, P.B. / Cortajarena, A.L. / Costa, R.D. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q34.cif.gz | 97.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q34.ent.gz | 72.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q34.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q34_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q34_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7q34_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q34_validation.cif.gz | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q34 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3f8bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14891.720 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 遺伝子: CYU10_001323, D4M07_02500, E34_1323, FEZ45_05535, FIB48_07105, GJI88_04795, HPC60_09780, JCM5805K_2657, KF282_0527, LKF24_1179, LKF67_0238, LL14B4_01620, LL275_0346, LLUC06_0422, LLUC08_ ...遺伝子: CYU10_001323, D4M07_02500, E34_1323, FEZ45_05535, FIB48_07105, GJI88_04795, HPC60_09780, JCM5805K_2657, KF282_0527, LKF24_1179, LKF67_0238, LL14B4_01620, LL275_0346, LLUC06_0422, LLUC08_0288, LLUC11_0290, LMG8520_0357, LMG9449_1101, N42_0245, VN91_0116 プラスミド: pET-17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0A7SZD7 #2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 % / 解説: blue cubes |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Hepes, pH 7.5, 5 mM NiCl2, 5 mM MgCl2, 5 mM CdCl2, 12% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.48459 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.48459 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→100.429 Å / Num. all: 19703 / Num. obs: 19703 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.159 / Rsym value: 0.144 / Net I/av σ(I): 1.7 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 226610 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.408
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3f8b 解像度: 2.6→64.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 16.945 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.484 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 174.12 Å2 / Biso mean: 84.846 Å2 / Biso min: 39.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→64.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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