PDB-7q06: Crystal structure of TPADO in complex with 2-OH-TPA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q06

タイトル

Crystal structure of TPADO in complex with 2-OH-TPA

要素

(Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit ...) x 2
Lysozyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / terephthalic acid / TPA

機能・相同性

機能・相同性情報

terephthalate 1,2-dioxygenase / terephthalate 1,2-dioxygenase activity / phthalate metabolic process / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas sp. (バクテリア)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Zahn, M. / Kincannon, W.M. / DuBois, J.L. / McGeehan, J.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Biochemical and structural characterization of an aromatic ring-hydroxylating dioxygenase for terephthalic acid catabolism.
著者: Kincannon, W.M. / Zahn, M. / Clare, R. / Lusty Beech, J. / Romberg, A. / Larson, J. / Bothner, B. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. / DuBois, J.L.

履歴

登録	2021年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q06.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q06.ent.gz	960.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7q06_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q06_full_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示
XML形式データ	7q06_validation.xml.gz	69.9 KB	表示
CIF形式データ	7q06_validation.cif.gz	101.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q06	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7q04C 7q05C 3ebyS 3n0qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

B: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

C: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

D: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

E: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

F: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

H: Lysozyme

ヘテロ分子

212 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	220.312, 220.312, 83.175
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	B
6	3	C
7	4	D
8	4	E
9	5	D
10	5	F
11	6	E
12	6	F

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 154	1 - 154
2	1	1	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 154	1 - 154
3	2	2	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 154	1 - 154
4	2	2	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 154	1 - 154
5	3	3	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 154	1 - 154
6	3	3	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 154	1 - 154
7	4	4	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	3 - 410	5 - 412
8	4	4	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	3 - 410	5 - 412
9	5	5	SER	SER	MET	MET	D	D	4 - 411	6 - 413
10	5	5	SER	SER	MET	MET	F	F	4 - 411	6 - 413
11	6	6	SER	SER	MET	MET	E	E	4 - 411	6 - 413
12	6	6	SER	SER	MET	MET	F	F	4 - 411	6 - 413

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2-dioxygenase small subunit 1 分子量: 17249.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA3I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1E2, terephthalate 1,2-dioxygenase
#2: タンパク質	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2-dioxygenase large subunit 2 分子量: 48166.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA2II / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1D5, terephthalate 1,2-dioxygenase

#1: タンパク質

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...

分子量: 17249.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA3I / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1E2, terephthalate 1,2-dioxygenase

#2: タンパク質

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...

分子量: 48166.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA2II / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1D5, terephthalate 1,2-dioxygenase

-
タンパク質 , 1種, 1分子 H

#3: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 935分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-8IB / 2-Hydroxyterephthalic acid / 2-oxidanylterephthalic acid / 2-hydroxybenzene-1,4-dicarboxylic acid / 2-hydroxyterephthalate / 2-ヒドロキシテレフタル酸分子量: 182.130 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12.5% MPD, 12.5% PEG 3350, 12.5% PEG 1000, 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M buffer Imidazole/MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.948→190.796 Å / Num. obs: 149913 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 17.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 1.948→2.057 Å / 冗長度: 18.5 % / R_merge(I) obs: 2.372 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7497 / CC_1/2: 0.59 / R_pim(I) all: 0.56 / % possible all: 57.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N0Q, 3EBY

3n0q

3eby

解像度: 1.95→190.796 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 7.361 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2022	7226	4.82 %
R_work	0.1648	142677	-
all	0.167	-	-
obs	-	149903	89.47 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.123 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.027 Å²	0.014 Å²	0 Å²
2-	-	0.027 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.089 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→190.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13861	0	83	921	14865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	14277
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	13074
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.814	1.638	19317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.449	1.58	30030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.482	5	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.374	22.005	818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.079	15	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.993	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	16477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	2599
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	12322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	6842
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	6780
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.206	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.835	3.673	7056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.835	3.672	7055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.94	5.484	8802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.94	5.484	8803
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.776	4.054	7221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.772	4.053	7217
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.377	5.93	10503
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.378	5.93	10502
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.052	42.883	15878
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.046	42.54	15660
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.098	0.05	4729
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.1	0.05	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.079	0.05	4834
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.103	0.05	12030
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.087	0.05	12095
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.099	0.05	11972

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09843	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09843	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09956	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09956	0.05009
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07884	0.05009
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07884	0.05009
4	7	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10314	0.05008
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10314	0.05008
5	9	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08708	0.05008
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08708	0.05008
6	11	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09928	0.05008
6	12	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09928	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.334	57	0.263	984	0.267	12372	0.745	0.804	8.4142	0.255
2.001-2.055	0.274	279	0.268	5898	0.268	11989	0.833	0.816	51.5222	0.26
2.055-2.115	0.261	529	0.248	10676	0.248	11651	0.865	0.856	96.172	0.234
2.115-2.18	0.267	588	0.232	10830	0.234	11423	0.871	0.882	99.9562	0.213
2.18-2.252	0.234	557	0.208	10439	0.21	10996	0.908	0.913	100	0.184
2.252-2.331	0.239	524	0.185	10119	0.187	10643	0.915	0.932	100	0.159
2.331-2.419	0.22	482	0.177	9787	0.179	10269	0.933	0.94	100	0.151
2.419-2.517	0.237	485	0.168	9428	0.171	9913	0.925	0.948	100	0.142
2.517-2.629	0.215	455	0.163	9033	0.165	9488	0.94	0.954	100	0.14
2.629-2.758	0.205	444	0.156	8659	0.158	9103	0.947	0.957	100	0.135
2.758-2.907	0.212	387	0.16	8277	0.162	8664	0.946	0.958	100	0.141
2.907-3.083	0.239	383	0.173	7813	0.176	8196	0.93	0.949	100	0.155
3.083-3.296	0.225	374	0.174	7311	0.176	7685	0.943	0.954	100	0.161
3.296-3.56	0.202	323	0.175	6859	0.176	7183	0.949	0.961	99.9861	0.167
3.56-3.899	0.199	280	0.168	6329	0.169	6609	0.956	0.963	100	0.164
3.899-4.359	0.169	336	0.138	5688	0.14	6024	0.968	0.974	100	0.139
4.359-5.033	0.149	285	0.113	4997	0.115	5282	0.977	0.981	100	0.121
5.033-6.164	0.183	213	0.15	4293	0.152	4506	0.966	0.973	100	0.157
6.164-8.712	0.189	135	0.153	3384	0.155	3519	0.965	0.972	100	0.164
8.712-190.796	0.197	110	0.183	1871	0.184	1986	0.966	0.957	99.7482	0.217

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2919	-0.0606	0.2439	0.5862	-0.3187	0.3368	0.0539	0.0347	0.0102	-0.0197	-0.0837	-0.0417	0.0348	0.0483	0.0298	0.1045	0.0429	0.0001	0.0474	0.0041	0.0442	80.8718	41.5998	0.8452
2	0.4724	-0.0066	0.0616	0.3697	-0.3099	0.3774	0.0156	-0.0786	0.0205	0.0264	-0.0309	-0.0116	0.0035	0.0223	0.0153	0.0734	0.0311	0.0036	0.0504	-0.0044	0.0595	79.6519	63.7349	18.0143
3	0.3827	-0.3414	-0.0057	0.4041	-0.1643	0.362	-0.0145	-0.0349	-0.0183	0.0148	0.0526	0.0554	0.0687	0.0224	-0.0381	0.0918	0.036	-0.0118	0.0544	0.0096	0.0593	59.1104	44.5659	18.4663
4	0.133	-0.0069	-0.1313	0.1797	0.079	0.3618	0.0145	0.0728	0.0208	-0.1161	0.0025	0.0377	0.1007	-0.0417	-0.017	0.1952	0.0298	-0.04	0.0475	0.0057	0.016	62.4068	44.972	-23.5876
5	0.0525	0.0459	-0.0044	0.2995	-0.028	0.0766	0.0273	0.0034	0.0552	-0.0443	-0.0126	-0.0063	-0.0033	0.0078	-0.0147	0.065	0.0336	0.0368	0.0424	0.0125	0.0845	76.1463	83.9332	-6.2624
6	0.316	0.0412	-0.135	0.1383	0.0041	0.1343	0.0216	0.0175	0.0494	-0.0146	0.0108	0.1008	0.0151	-0.0434	-0.0324	0.0409	0.0197	-0.0184	0.0609	0.0198	0.0968	38.6889	65.6324	8.0501
7	0.8336	0.0548	0.7163	0.0907	-0.1301	1.8303	0.0203	-0.2219	-0.1088	-0.0534	-0.0331	-0.0264	-0.0203	-0.2118	0.0128	0.0648	0.0127	0.0076	0.0768	0.0338	0.0776	74.1478	16.559	29.0008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	1 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	3 - 411
5	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	501
6	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	3 - 424
7	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	501
8	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	502
9	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	4 - 412
10	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	501
11	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	H	1 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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