+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pws | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PARP15 catalytic domain in complex with OUL255 | |||||||||
![]() | Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / ADP-ribosyltransferase / Inhibitor / Complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Maksimainen, M.M. / Lehtio, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Potent 2,3-dihydrophthalazine-1,4-dione derivatives as dual inhibitors for mono-ADP-ribosyltransferases PARP10 and PARP15. 著者: Nizi, M.G. / Maksimainen, M.M. / Murthy, S. / Massari, S. / Alaviuhkola, J. / Lippok, B.E. / Sowa, S.T. / Galera-Prat, A. / Prunskaite-Hyyrylainen, R. / Luscher, B. / Korn, P. / Lehtio, L. / Tabarrini, O. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 73.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 752.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 753.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7pw3C ![]() 7pwaC ![]() 7pwcC ![]() 7pwkC ![]() 7pwlC ![]() 7pwmC ![]() 7pwpC ![]() 7pwqC ![]() 7pwrC ![]() 7pwuC ![]() 7pwwC ![]() 7px6C ![]() 7px7C ![]() 7othS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() データの種類: diffraction image data |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25439.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q460N3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-8BW / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium chloride pH 7.5, 16% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 47602 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.94 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Num. unique obs: 3443 / CC1/2: 0.78 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7OTH 解像度: 1.8→43.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.98 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.54 Å2 / Biso mean: 28.731 Å2 / Biso min: 17.46 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→43.46 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|