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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pw3 | |||||||||
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タイトル | PARP15 catalytic domain in complex with OUL217 | |||||||||
要素 | Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / ADP-ribosyltransferase / Inhibitor / Complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Maksimainen, M.M. / Murthy, S. / Lehtio, L. | |||||||||
資金援助 | フィンランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Potent 2,3-dihydrophthalazine-1,4-dione derivatives as dual inhibitors for mono-ADP-ribosyltransferases PARP10 and PARP15. 著者: Nizi, M.G. / Maksimainen, M.M. / Murthy, S. / Massari, S. / Alaviuhkola, J. / Lippok, B.E. / Sowa, S.T. / Galera-Prat, A. / Prunskaite-Hyyrylainen, R. / Luscher, B. / Korn, P. / Lehtio, L. / Tabarrini, O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pw3.cif.gz | 189.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pw3.ent.gz | 149.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pw3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pw3_validation.pdf.gz | 752.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pw3_full_validation.pdf.gz | 754.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7pw3_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pw3_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/7pw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/7pw3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7pwaC 7pwcC 7pwkC 7pwlC 7pwmC 7pwpC 7pwqC 7pwrC 7pwsC 7pwuC 7pwwC 7px6C 7px7C 3bljS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.23729/ba2c02ed-340f-4047-94c5-81ccf11100f9 データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25439.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP15, BAL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q460N3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-8C7 / | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M ammonium chloride pH 7.5, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.965459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 97254 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / Num. unique obs: 7053 / CC1/2: 0.614 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3BLJ 解像度: 1.4→43.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.728 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.89 Å2 / Biso mean: 21.421 Å2 / Biso min: 11.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→43.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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