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- PDB-7psq: Crystal structure of S100A4 labeled with NU074381b. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7psq
タイトルCrystal structure of S100A4 labeled with NU074381b.
要素Protein S100-A4
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Covalent inhibitor / Protein labeling / calcium-binding protein / S100-protein family.
機能・相同性
機能・相同性情報


RAGE receptor binding / chemoattractant activity / transition metal ion binding / epithelial to mesenchymal transition / calcium-dependent protein binding / actin binding / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm ...RAGE receptor binding / chemoattractant activity / transition metal ion binding / epithelial to mesenchymal transition / calcium-dependent protein binding / actin binding / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-82Q / Protein S100-A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Giroud, C. / Szommer, T. / Coxon, C. / Monteiro, O. / Christott, T. / Bennett, J. / Aitmakhanova, K. / Raux, B. / Newman, J. / Elkins, J. ...Giroud, C. / Szommer, T. / Coxon, C. / Monteiro, O. / Christott, T. / Bennett, J. / Aitmakhanova, K. / Raux, B. / Newman, J. / Elkins, J. / Krojer, T. / Arruda Bezerra, G. / Koekemoer, L. / Bountra, C. / Von Delft, F. / Brennan, P. / Fedorov, O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative115766 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of S100A4 labeled with NU074381b.
著者: Giroud, C. / Szommer, T. / Coxon, C. / Monteiro, O. / Christott, T. / Bennett, J. / Aitmakhanova, K. / Raux, B. / Newman, J. / Elkins, J. / Krojer, T. / Koekemoer, L. / Von Delft, F. / ...著者: Giroud, C. / Szommer, T. / Coxon, C. / Monteiro, O. / Christott, T. / Bennett, J. / Aitmakhanova, K. / Raux, B. / Newman, J. / Elkins, J. / Krojer, T. / Koekemoer, L. / Von Delft, F. / Bountr, C. / Brennan, P. / Fedorov, O.
履歴
登録2021年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A4
C: Protein S100-A4
E: Protein S100-A4
G: Protein S100-A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,51718
ポリマ－57,2534
非ポリマー1,26414
水1,42379
1
A: Protein S100-A4
E: Protein S100-A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2078
ポリマ－28,6262
非ポリマー5816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area13010 Å2
2
C: Protein S100-A4
G: Protein S100-A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,30910
ポリマ－28,6262
非ポリマー6838
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area13090 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.913, 70.404, 107.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Protein S100-A4 / Calvasculin / Metastasin / Placental calcium-binding protein / Protein Mts1 / S100 calcium-binding protein A4


分子量: 14313.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A4, CAPL, MTS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P26447
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-82Q / (2~{R},4~{R})-1-ethanoyl-~{N}-naphthalen-1-yl-4-phenyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 358.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: MES 25mM, 12.5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→43.63 Å / Num. obs: 34616 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 49.23 Å2 / CC1/2: 1 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 8.9→42.77 Å / Num. unique obs: 461 / CC1/2: 0.999

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C1V

3c1v


解像度: 1.91→64.91 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 1792 4.74 %
Rwork0.2048 35979 -
obs0.2064 37771 96.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.63 Å2 / Biso mean: 59.0107 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→64.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3264 0 75 79 3418
Biso mean--66.09 57.62 -
残基数----410
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.91-1.960.5364910.48631775186663
1.96-2.020.48161270.46082672279996
2.02-2.080.45911520.398928342986100
2.08-2.160.32491450.327928032948100
2.16-2.250.31951160.271328622978100
2.25-2.350.281480.242827972945100
2.35-2.470.29921300.245228412971100
2.47-2.630.27091540.217528432997100
2.63-2.830.29241390.220528572996100
2.83-3.110.22161460.20728462992100
3.11-3.560.2011450.191128823027100
3.56-4.490.18971440.166729203064100
4.49-64.910.22471550.181930473202100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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