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- PDB-7pqk: Co-Crystal Structure of M. tuberculosis LeuRS in Complex with the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pqk
タイトルCo-Crystal Structure of M. tuberculosis LeuRS in Complex with the Adduct Formed by Prodrug Cmpd1 with Adenosine-monophosphate
要素Leucine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Leucyl-tRNA Synthetase / catalyses the reaction: ATP + L-leucine + tRNA(Leu) = AMP + diphosphate + L-leucyl-tRNA(Leu) leucine-tRNA Ligase ATP binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine-tRNA ligase / leucine-tRNA ligase activity / leucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / peptidoglycan-based cell wall / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site ...Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-81D / Leucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Palencia, A. / Cusack, S.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)NovoTargetParasite フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)AntibiOxaborole フランス
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Adenosine-Dependent Activation Mechanism of Prodrugs Targeting an Aminoacyl-tRNA Synthetase.
著者: Hoffmann, G. / Le Gorrec, M. / Mestdach, E. / Cusack, S. / Salmon, L. / Jensen, M.R. / Palencia, A.
履歴
登録2021年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5693
ポリマ－24,9211
非ポリマー6482
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomeric protein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area9560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.170, 61.800, 77.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Leucine--tRNA ligase / Leucyl-tRNA synthetase / LeuRS


分子量: 24920.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Contain N-term His tag,
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: leuS, Rv0041, MTCY21D4.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFV1, leucine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-81D / (S)-3-(Aminomethyl)-4-chloro-7-(2-hydroxyethoxy)benzo[c][1,2]oxaborol-1(3H)-ol / [(1R,5S,6R,8R,9'S)-9'-(aminomethyl)-8-(6-aminopurin-9-yl)-2'-chloranyl-5'-(2-hydroxyethyloxy)spiro[2,4,7-trioxa-3-boranuidabicyclo[3.3.0]octane-3,7'-8-oxa-7-boranuidabicyclo[4.3.0]nona-1,3,5-triene]-6-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 585.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24BClN6O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: 3D-rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-TRIS (pH 5.5), 17% (w/v) PEG 10000 and 0.2 M ammonium acetate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0615 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月3日
放射モノクロメーター: Silicon crystal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0615 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→38.595 Å / Num. obs: 74820 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.887 % / Biso Wilson estimate: 14.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 9.16 / Num. measured all: 476869 / Scaling rejects: 165
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.15-1.264.441.1381.37175350.7811.1997.9
1.26-1.44.7860.4713.1153010.9340.53199.1
1.4-1.614.8840.1617.68141380.9880.18198.9
1.61-2.034.9210.06516.79137010.9970.07498.8
2.03-35.360.04627.7196220.9970.05199.7
3-58.730.04444.3734950.9980.04699.9
5-109.6430.04349.828910.9970.04699
10-158.8850.04752.61960.9950.05193.2
15-38.5957.220.06848.49410.9870.07189.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER2.5.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AGT

5agt


解像度: 1.15→38.595 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1655 3758 5.02 %
Rwork0.1369 71029 -
obs0.1383 74787 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 56.7 Å2 / Biso mean: 23.43 Å2 / Biso min: 11.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→38.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1451 0 68 269 1788
Biso mean--22.27 38.31 -
残基数----195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0292313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.125253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7631
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.15-1.16460.371280.3268258298
1.1646-1.17990.33731390.3099254198
1.1799-1.19610.28491300.2801260298
1.1961-1.21310.25691370.2726257398
1.2131-1.23130.27161410.2449256397
1.2313-1.25050.25191300.2222255197
1.2505-1.2710.23011480.2093261999
1.271-1.29290.25971310.2065261899
1.2929-1.31640.221370.1952261899
1.3164-1.34170.21691270.1832262899
1.3417-1.36910.21681330.1699260499
1.3691-1.39890.20371350.1517260199
1.3989-1.43150.18891290.1389261198
1.4315-1.46730.17611190.1286258397
1.4673-1.50690.14291620.11712636100
1.5069-1.55130.14351290.09962633100
1.5513-1.60130.13791450.09442628100
1.6013-1.65860.12781430.0917265499
1.6586-1.7250.13181480.0953262999
1.725-1.80350.15011450.0964263099
1.8035-1.89860.12871530.1019261398
1.8986-2.01750.11281620.1048260899
2.0175-2.17330.14291330.10412691100
2.1733-2.39190.13331450.1132684100
2.3919-2.7380.15691340.12762715100
2.738-3.44920.17891510.14012747100
3.4492-38.5950.17091440.1492286799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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