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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pid | |||||||||
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タイトル | Protein kinase A catalytic subunit in complex with PKI5-24 and EN060 | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / Protein Kinase / Ligand complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity ...regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / axoneme / mesoderm formation / sperm flagellum / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase A signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / dendritic spine / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.496 Å | |||||||||
データ登録者 | Glinca, S. / Mueller, J.M. / Ruf, M. / Merkl, S. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Magnet for the Needle in Haystack: "Crystal Structure First" Fragment Hits Unlock Active Chemical Matter Using Targeted Exploration of Vast Chemical Spaces. 著者: Muller, J. / Klein, R. / Tarkhanova, O. / Gryniukova, A. / Borysko, P. / Merkl, S. / Ruf, M. / Neumann, A. / Gastreich, M. / Moroz, Y.S. / Klebe, G. / Glinca, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pid.cif.gz | 298.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pid.ent.gz | 201.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/7pid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/7pid | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 器官: Ovary 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PKI5-24, the last two residues are disordered / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63248 |
#3: 化合物 | ChemComp-7QI / |
#4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Protein at 8 mg/mL in 100 mM Mes-Bis-Tris pH 6.9, 75 mM Lithium chloride, 1 mM DTT, 100 mM Sodium-EDTA. Master-Mix: 540 uL of protein + 15 uL 10 mM Mega8 in Water + 45 uL 10 mM PKI5-24 in ...詳細: Protein at 8 mg/mL in 100 mM Mes-Bis-Tris pH 6.9, 75 mM Lithium chloride, 1 mM DTT, 100 mM Sodium-EDTA. Master-Mix: 540 uL of protein + 15 uL 10 mM Mega8 in Water + 45 uL 10 mM PKI5-24 in protein-buffer. 70 % Master-Mix mixed with 30 % 50 mM ligand in DMSO before setting of drops. 15-24 % Methanol/Water in Reservoir. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033193 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033193 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.496→45.7610803693 Å / Num. obs: 76966 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.08 % / Biso Wilson estimate: 20.1617100127 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 27.22 |
反射 シェル | 解像度: 1.496→1.58 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 5.86 / Num. unique obs: 12087 / CC1/2: 0.956 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5M6Y 解像度: 1.496→45.7610803693 Å / SU ML: 0.089950383788 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38082386903 / 位相誤差: 13.1228058308 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.4098029108 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.496→45.7610803693 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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