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- PDB-7p4o: Crystal structure of Autotaxin and 9(R)-delta6a,10a-THC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p4o
タイトルCrystal structure of Autotaxin and 9(R)-delta6a,10a-THC
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
キーワードHYDROLASE / 9(R)-delta6a / 10a-THC / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity ...response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / cellular response to cadmium ion / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / immune response / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
7alpha-hydroxycholesterol / Chem-5K9 / IODIDE ION / THIOCYANATE ION / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Eymery, M.C. / McCarthy, A.A. / Hausmann, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
引用
ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: Linking medicinal cannabis to autotaxin-lysophosphatidic acid signaling.
著者: Eymery, M.C. / McCarthy, A.A. / Hausmann, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine
著者: Afonine, P.V.
履歴
登録2021年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,17523
ポリマ－95,0381
非ポリマー3,13822
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area31720 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.841, 62.361, 64.356
Angle α, β, γ (deg.)103.698, 98.371, 93.439
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD


分子量: 95037.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 9(R)-delta6a,10a-THC / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 8種, 482分子

#3: 化合物 ChemComp-5JK / 7alpha-hydroxycholesterol / (3beta,7alpha,9beta,14beta)-cholest-5-ene-3,7-diol / 7α-ヒドロキシコレステロ-ル


分子量: 402.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H46O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-5K9 / (9~{R},10~{a}~{S})-6,6,9-trimethyl-3-pentyl-6~{a},7,8,9,10,10~{a}-hexahydrobenzo[c]chromen-1-ol


分子量: 316.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18-22% (m/v) PEG3350, 0.1-0.3 M NH4I and 0.3 M NaSCN rATX: 3mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→60.29 Å / Num. obs: 85240 / % possible obs: 94.81 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.89 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.1146 / Net I/σ(I): 7.53
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 1.037 / Num. unique obs: 8434 / CC1/2: 0.548 / % possible all: 94.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
autoPROCdata processing
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XR9

2xr9


解像度: 1.69→60.29 Å / SU ML: 0.1476 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.9811
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2058 2003 2.35 %
Rwork0.1711 83237 -
obs0.1719 85240 94.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→60.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6244 0 113 461 6818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00756523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89628853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0566934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00581135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2514900
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.730.24271330.21775932X-RAY DIFFRACTION94.22
1.73-1.780.24591440.20655904X-RAY DIFFRACTION94.19
1.78-1.830.24151400.19415951X-RAY DIFFRACTION95.34
1.83-1.890.21531480.18646028X-RAY DIFFRACTION95.74
1.89-1.960.23111520.18756011X-RAY DIFFRACTION95.98
1.96-2.030.21731380.17926037X-RAY DIFFRACTION96.39
2.03-2.130.22791560.18146040X-RAY DIFFRACTION96.27
2.13-2.240.20021410.17456057X-RAY DIFFRACTION96.53
2.24-2.380.23131430.17976047X-RAY DIFFRACTION96.51
2.38-2.560.22921520.18766074X-RAY DIFFRACTION96.51
2.56-2.820.20371380.18485946X-RAY DIFFRACTION95.08
2.82-3.230.21111390.17955781X-RAY DIFFRACTION92.08
3.23-4.070.20611390.14765714X-RAY DIFFRACTION91.27
4.07-60.290.1671400.15325715X-RAY DIFFRACTION91.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6804616634750.04402034351290.2099963193091.477894890360.3529289636581.099747861610.00362025171594-0.107225804114-0.01187338153070.2725471864750.0506268869212-0.07073557701140.02540042910080.00847786031244-0.04318774960190.1583982962780.01494491557830.00315402879570.1553320704870.01666562897650.144933966332-0.24292617935625.32451833482.29899900037
20.854198877598-0.06477565574120.4476810903160.583173104947-0.1162087875360.728546139474-0.1842476910630.2648249197280.226551481358-0.3195762420630.05638552236410.142173132432-0.329494061880.008368996614710.1350242123860.361204108134-0.0299513652716-0.02521646580360.2742130450890.06233118561650.237913973678-17.525717249134.7443544919-31.3215662748
31.173223087940.005190348749380.3692850541021.428934202680.2711249181791.219196752760.00181393951070.19252257318-0.0322773141946-0.1651208379970.008350140248610.0781911537394-0.001817602997290.0191104605062-0.0106901367010.140804459843-0.0216435715314-0.004469913766440.1851767915180.008332551519150.128812729262-22.912452753121.159785172-31.414058514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 56 through 516 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 517 through 597 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 598 through 858 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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