PDB-7p4c: Crystal Structure of Agd31B, alpha-transglucosylase in Glycoside ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p4c

タイトル

Crystal Structure of Agd31B, alpha-transglucosylase in Glycoside Hydrolase Family 31, in complex with noncovalent Cyclophellitol Sulfamidate probe KK131

要素

Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase / GH31 / inhibitor / carbohydrate

機能・相同性

機能・相同性情報

oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase / oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase activity / alpha-glucosidase activity / N-glycan processing / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cellvibrio japonicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Wu, L. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: 1,6- epi-Cyclophellitol Cyclosulfamidate Is a Bona Fide Lysosomal alpha-Glucosidase Stabilizer for the Treatment of Pompe Disease.
著者: Kok, K. / Kuo, C.L. / Katzy, R.E. / Lelieveld, L.T. / Wu, L. / Roig-Zamboni, V. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Sulzenbacher, G. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S. / Aerts, J.M.F.G. / Artola, M.

履歴

登録	2021年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p4c.cif.gz	310.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p4c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p4c_validation.pdf.gz	942.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p4c_full_validation.pdf.gz	946.3 KB	表示
XML形式データ	7p4c_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	7p4c_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p2zC 7p32C 7p4dC 4b9yS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

96 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer elutes as single peak

単位格子

Length a, b, c (Å)	197.000, 197.000, 102.156
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	177
Space group name H-M	P622

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1431- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase / Alpha-glucosidase 31B / CJAgd31B 分子量: 94592.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (strain Ueda107) (バクテリア) 株: Ueda107 / 遺伝子: agd31B, CJA_3248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B3PEE6, oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase

#1: タンパク質

Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase / Alpha-glucosidase 31B / CJAgd31B

分子量: 94592.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cellvibrio japonicus (strain Ueda107) (バクテリア)
株: Ueda107 / 遺伝子: agd31B, CJA_3248 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B3PEE6, oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 446分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-5OV / (3aR,4S,5S,6R,7R,7aS)-7-(hydroxymethyl)-2,2-bis(oxidanylidene)-3a,4,5,6,7,7a-hexahydro-3H-benzo[d][1,2,3]oxathiazole-4,5,6-triol / Cyclophellitol Sulfamidate probe KK131 分子量: 255.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃NO₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES (PH 7.0), 2% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→102.31 Å / Num. obs: 97555 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.281 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.86→1.89 Å / R_merge(I) obs: 2.839 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4790 / CC_1/2: 0.618 / R_pim(I) all: 0.589 / R_rim(I) all: 2.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4b9y

4b9y

解像度: 1.86→102.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	4828	4.949 %
R_work	0.1915	92720	-
all	0.193	-	-
obs	-	97548	99.965 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.361 Å²	-0.68 Å²	0 Å²
2-	-	-1.361 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.415 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→102.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6237	0	83	431	6751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	6519
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	5981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.603	1.647	8848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.334	1.579	13778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.717	5	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.562	22.145	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.814	15	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.929	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.337	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	5560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.516	4.115	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.516	4.114	3142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.636	6.155	3934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.636	6.156	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.257	4.529	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.166	4.493	3341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.36	6.622	4914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.24	6.564	4861
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.703	46.281	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.704	46.072	7106

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.908	0.366	351	0.356	6737	X-RAY DIFFRACTION	99.6625
1.908-1.961	0.335	321	0.335	6630	X-RAY DIFFRACTION	99.9712
1.961-2.017	0.301	368	0.3	6371	X-RAY DIFFRACTION	99.9852
2.017-2.079	0.285	346	0.275	6224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.079-2.148	0.288	319	0.254	6044	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
2.148-2.223	0.3	294	0.252	5879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.223-2.307	0.265	283	0.227	5672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.307-2.401	0.263	299	0.218	5448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.401-2.508	0.246	262	0.205	5252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.508-2.63	0.278	246	0.211	5035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.772	0.246	250	0.213	4799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.772-2.941	0.286	240	0.211	4530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.941-3.144	0.268	224	0.214	4265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.144-3.395	0.216	208	0.192	4003	X-RAY DIFFRACTION	100
3.395-3.719	0.186	201	0.173	3679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.719-4.158	0.188	189	0.148	3335	X-RAY DIFFRACTION	99.9716
4.158-4.801	0.158	138	0.131	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
4.801-5.879	0.177	127	0.133	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
5.879-8.309	0.217	93	0.149	2041	X-RAY DIFFRACTION	100
8.309-102.31	0.201	69	0.171	1203	X-RAY DIFFRACTION	99.7647

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