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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p2g | ||||||
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タイトル | Identification of low micromolar SARS-CoV-2 Mpro inhibitors from hits identified by in silico screens | ||||||
要素 | 3C-like proteinase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SARS-CoV-2 / Mpro / inhibitor / protease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SARS coronavirus main proteinase / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Rempel, S. / Halazonetis, T.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022 タイトル: Non-covalent SARS-CoV-2 M pro inhibitors developed from in silico screen hits. 著者: Rossetti, G.G. / Ossorio, M.A. / Rempel, S. / Kratzel, A. / Dionellis, V.S. / Barriot, S. / Tropia, L. / Gorgulla, C. / Arthanari, H. / Thiel, V. / Mohr, P. / Gamboni, R. / Halazonetis, T.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p2g.cif.gz | 159 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p2g.ent.gz | 105.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p2g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p2g_validation.pdf.gz | 724.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p2g_full_validation.pdf.gz | 727.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p2g_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p2g_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/7p2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/7p2g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6wqfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: ORF1ab / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold 参照: UniProt: A0A7L9RWV7, RNA-directed RNA polymerase, ubiquitinyl hydrolase 1, SARS coronavirus main proteinase, DNA helicase, RNA helicase |
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#2: 化合物 | ChemComp-4N0 / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris, 25% (v/v) PEG 3350, 0.2 M lithium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→48.53 Å / Num. obs: 31270 / % possible obs: 98.65 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 74.18 Å2 / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Net I/σ(I): 8.38 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 912 / CC1/2: 0.208 / CC star: 0.587 / % possible all: 97.33 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6WQF 解像度: 2.5→48.53 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 44.4908 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A
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