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- PDB-7omo: Crystal structure of coelenteramine-bound Renilla reniformis luci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7omo
タイトルCrystal structure of coelenteramine-bound Renilla reniformis luciferase RLuc8-D120A variant
要素Renilla reniformis luciferase RLuc8-D120A variant
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / bioluminscence / coelenteramide-bound enzyme
機能・相同性4-[5-azanyl-6-(phenylmethyl)pyrazin-2-yl]phenol
機能・相同性情報
生物種Renilla reniformis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.451 Å
データ登録者Schenkmayerova, A. / Marek, M.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
European CommissionMSCA-IF-2017 792772 チェコ
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Catalytic mechanism for Renilla-type luciferases
著者: Schenkmayerova, A. / Toul, M. / Pluskal, D. / Baatallah, R. / Gagnot, G. / Pinto, G.P. / Santana, V.T. / Stuchla, M. / Neugebauer, P. / Chaiyen, P. / Damborsky, J. / Bednar, D. / Janin, Y.L. ...著者: Schenkmayerova, A. / Toul, M. / Pluskal, D. / Baatallah, R. / Gagnot, G. / Pinto, G.P. / Santana, V.T. / Stuchla, M. / Neugebauer, P. / Chaiyen, P. / Damborsky, J. / Bednar, D. / Janin, Y.L. / Prokop, Z. / Marek, M.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renilla reniformis luciferase RLuc8-D120A variant
B: Renilla reniformis luciferase RLuc8-D120A variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,57211
ポリマ－73,8062
非ポリマー7659
水8,341463
1
A: Renilla reniformis luciferase RLuc8-D120A variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5418
ポリマ－36,9031
非ポリマー6387
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Renilla reniformis luciferase RLuc8-D120A variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0313
ポリマ－36,9031
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.315, 139.972, 50.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Renilla reniformis luciferase RLuc8-D120A variant


分子量: 36903.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Renilla reniformis (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 472分子

#2: 化合物 ChemComp-VKB / 4-[5-azanyl-6-(phenylmethyl)pyrazin-2-yl]phenol / 4-(5-アミノ-6-ベンジル-2-ピラジニル)フェノ-ル


分子量: 277.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG3350, magnesium chloride, bis-tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→46.751 Å / Num. obs: 111521 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 17.13 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.45-1.486.80.86154150.8070.3530.93299.2
7.95-106.40.0227080.9990.0110.02499.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2-4158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2SPJ

2spj


解像度: 1.451→46.751 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1812 5471 4.91 %
Rwork0.1632 105945 -
obs0.1641 111416 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.98 Å2 / Biso mean: 22.9199 Å2 / Biso min: 10.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.451→46.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4934 0 49 463 5446
Biso mean--34.51 30.11 -
残基数----602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7867053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2773175
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.451-1.46750.27761780.25983470
1.4675-1.48480.26591730.24043576
1.4848-1.50290.26821840.22073525
1.5029-1.52190.2181740.2143495
1.5219-1.54190.21392070.20943587
1.5419-1.5630.20981770.20563445
1.563-1.58540.241820.19853594
1.5854-1.6090.23991810.19153444
1.609-1.63420.20361630.18663606
1.6342-1.6610.1931800.17893463
1.661-1.68960.19451950.17263576
1.6896-1.72030.17681870.16963449
1.7203-1.75340.17692130.16923547
1.7534-1.78920.19451740.16743527
1.7892-1.82810.21331800.16893518
1.8281-1.87070.21081860.16353540
1.8707-1.91740.17661780.16623537
1.9174-1.96930.18032070.1613516
1.9693-2.02720.18841800.15733530
2.0272-2.09270.19941900.15853507
2.0927-2.16750.18831750.16083528
2.1675-2.25420.15711720.15713567
2.2542-2.35680.18431860.15833540
2.3568-2.48110.18841680.16173543
2.4811-2.63650.19851510.16773560
2.6365-2.84010.17941650.15993550
2.8401-3.12580.18311890.16143541
3.1258-3.5780.15621970.14993535
3.578-4.50730.15411920.14093550
4.5073-100.16841870.1623579

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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