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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ojm | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) CATALYTICALLY INACTIVE H251A VARIANT COMPLEXED WITH 2-METHYL-QUINOLIN-4(1H)-ONE UNDER NORMOXIC CONDITIONS | ||||||
![]() | 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA HYDROLASE COMPLEX / DIOXYGENASE / COFACTOR-DEVOID | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase / 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / : 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bui, S. / Steiner, R.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Evolutionary adaptation from hydrolytic to oxygenolytic catalysis at the alpha / beta-hydrolase fold. 著者: Bui, S. / Gil-Guerrero, S. / van der Linden, P. / Carpentier, P. / Ceccarelli, M. / Jambrina, P.G. / Steiner, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 944.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 953.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 3 - 275 / Label seq-ID: 15 - 287
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB
#1: タンパク質 | 分子量: 33222.324 Da / 分子数: 2 / 変異: C69S, H251A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hod, meqE, ARUE_113p00080, pAL1.008 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O31266, 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase |
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-非ポリマー , 6種, 257分子 ![](data/chem/img/VFH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SRT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SRT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SRT / #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PROTEIN AT 150 MG/ML IN STORAGE BUFFER 1.65M NA/K TARTRATE, 0.1M HEPES PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月23日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91741 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2→44.44 Å / Num. obs: 42360 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2876 / Rpim(I) all: 0.407 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4CFS 解像度: 2.001→42.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.297 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.536 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.001→42.14 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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