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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oal | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 | ||||||
要素 | Peripheral plasma membrane protein CASK | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / pseudokinase / kinase / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / guanylate kinase activity / neurexin family protein binding / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of wound healing / nuclear lamina / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calcium ion import / Neurexins and neuroligins ...negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / guanylate kinase activity / neurexin family protein binding / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of wound healing / nuclear lamina / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calcium ion import / Neurexins and neuroligins / Nephrin family interactions / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / ciliary membrane / regulation of synaptic vesicle exocytosis / Syndecan interactions / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of calcium ion import / basement membrane / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of localization in cell / Schaffer collateral - CA1 synapse / nuclear matrix / cell-cell junction / protein localization / actin cytoskeleton / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / vesicle / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / cell adhesion / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / signaling receptor binding / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å | ||||||
データ登録者 | Chaikuad, A. / Russ, N. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Design and Development of a Chemical Probe for Pseudokinase Ca 2+ /calmodulin-Dependent Ser/Thr Kinase. 著者: Russ, N. / Schroder, M. / Berger, B.T. / Mandel, S. / Aydogan, Y. / Mauer, S. / Pohl, C. / Drewry, D.H. / Chaikuad, A. / Muller, S. / Knapp, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oal.cif.gz | 490.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oal.ent.gz | 403.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oal.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oal_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oal_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oal_validation.xml.gz | 46.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oal_validation.cif.gz | 64.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oal | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 303 / Label seq-ID: 22 - 319
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39505.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASK, LIN2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CL21(DE3)-R3-pRARE2 参照: UniProt: O14936, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-V62 / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 9% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl, 0.1 M MES, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.17→46.11 Å / Num. obs: 65093 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/av σ(I): 6 / Net I/σ(I): 6 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3C0I 解像度: 2.17→46.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 17.619 / SU ML: 0.22 / SU R Cruickshank DPI: 0.3404 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.97 Å2 / Biso mean: 38.404 Å2 / Biso min: 20.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.17→46.11 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.17→2.226 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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