PDB-7nq9: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 2-benzyl-N-cyclopropyl-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nq9

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 2-benzyl-N-cyclopropyl-6-(1-methyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)isonicotinamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Chung, C.W.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Template-Hopping Approach Leads to Potent, Selective, and Highly Soluble Bromo and Extraterminal Domain (BET) Second Bromodomain (BD2) Inhibitors.
著者: Aylott, H.E. / Atkinson, S.J. / Bamborough, P. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Hayhow, T.G. / Messenger, C. / Mitchell, D. / Phillipou, ...

履歴

登録	2021年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nq9.cif.gz	45.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nq9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nq9_validation.pdf.gz	691.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nq9_full_validation.pdf.gz	691.7 KB	表示
XML形式データ	7nq9_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	7nq9_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nq5C 7nq7C 7nq8C 7nqiC 7nqjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zb1-d 7jx7-d 6swp-d 6e6j-3 5uev-d 5jwm-1 6ko2-d 7nqi-d 7nq8-d 4qev-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.759, 52.443, 32.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-747- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-UMB / 6-benzyl-N4-((1r,3r)-3-hydroxycyclobutyl)-N2-methylpyridine-2,4-dicarboxamide / ~{N}2-methyl-~{N}4-(3-oxidanylcyclobutyl)-6-(phenylmethyl)pyridine-2,4-dicarboxamide 分子量: 339.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→72.02 Å / Num. obs: 15827 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 25.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique obs: 1868 / CC_1/2: 0.817 / % possible all: 79.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.602→29.279 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.467 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1783	784	4.963 %
R_work	0.1528	15013	-
all	0.154	-	-
obs	-	15797	95.571 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.151 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.466 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.183 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.649 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→29.279 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	910	0	45	170	1125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	945
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.176	1.65	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.253	1.622	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.643	5	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.345	21.356	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.167	15	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.217	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	233
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.163	0.2	786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.179	2.064	465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.128	2.051	463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.029	4.609	588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.04	4.629	588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.674	2.472	561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.672	2.472	562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.829	5.293	789
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.827	5.295	790
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.677	20.814	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.423	19.325	1194

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.602-1.644	0.249	40	0.215	872	0.217	1188	0.906	0.91	76.7677	0.176
1.644-1.689	0.228	53	0.208	952	0.209	1191	0.924	0.916	84.3829	0.163
1.689-1.737	0.191	70	0.187	992	0.187	1104	0.918	0.924	96.1956	0.153
1.737-1.791	0.187	54	0.181	1025	0.182	1113	0.928	0.943	96.9452	0.144
1.791-1.849	0.212	41	0.16	1002	0.162	1069	0.943	0.962	97.5678	0.132
1.849-1.914	0.191	59	0.158	934	0.16	1020	0.957	0.961	97.3529	0.128
1.914-1.986	0.23	27	0.15	981	0.151	1020	0.945	0.965	98.8235	0.126
1.986-2.066	0.212	53	0.147	907	0.15	972	0.951	0.967	98.7654	0.126
2.066-2.158	0.18	48	0.143	872	0.145	923	0.966	0.971	99.675	0.124
2.158-2.263	0.154	42	0.137	846	0.137	894	0.964	0.974	99.3289	0.117
2.263-2.384	0.14	48	0.133	801	0.134	857	0.976	0.976	99.0665	0.113
2.384-2.528	0.202	36	0.134	746	0.137	787	0.958	0.975	99.3647	0.118
2.528-2.701	0.14	37	0.136	730	0.136	774	0.97	0.975	99.0956	0.121
2.701-2.915	0.177	44	0.143	676	0.145	728	0.965	0.974	98.9011	0.134
2.915-3.19	0.173	38	0.151	607	0.152	652	0.968	0.973	98.9264	0.139
3.19-3.561	0.141	23	0.133	583	0.133	614	0.975	0.98	98.6971	0.128
3.561-4.102	0.147	30	0.141	507	0.141	541	0.975	0.982	99.2606	0.147
4.102-5	0.212	16	0.156	434	0.158	457	0.967	0.979	98.4683	0.166
5-6.97	0.185	14	0.188	350	0.188	378	0.976	0.965	96.2963	0.194
6.97-29.279	0.211	11	0.202	196	0.203	243	0.954	0.963	85.1852	0.205

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