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万見
- PDB-7nlm: LasB, N-aryl-2-butylmercaptoacetamide -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nlm
タイトルLasB, N-aryl-2-butylmercaptoacetamide
要素Pro-elastase
キーワードHYDROLASE / LasB / N-aryl-2-butylmercaptoacetamide inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif ...PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UHE / Elastase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Koehnke, J. / Sikandar, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)KO4116_3_1 ドイツ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: LasB, N-aryl-2-butylmercaptoacetamide inhibitor complex
著者: Koehnke, J. / Sikandar, A.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1474
ポリマ－32,7881
非ポリマー3593
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.703, 89.931, 41.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pro-elastase


分子量: 32788.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 参照: UniProt: Q02RJ6
#2: 化合物 ChemComp-UHE / (S)-2-mercapto-N-(4-methoxyphenyl)-4-methylpentanamide / (2~{S})-~{N}-(4-methoxyphenyl)-4-methyl-2-sulfanyl-pentanamide


分子量: 253.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium iodide, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→44.97 Å / Num. obs: 31767 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 9275 / CC1/2: 0.962

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ezm

1ezm


解像度: 1.65→44.97 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 1597 5.03 %
Rwork0.1781 --
obs0.1793 31740 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→44.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2283 0 19 286 2588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8383210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.007335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.70.22411510.20862652X-RAY DIFFRACTION96
1.7-1.760.2161590.21332678X-RAY DIFFRACTION96
1.76-1.830.25621350.20742705X-RAY DIFFRACTION97
1.83-1.920.2521520.20072719X-RAY DIFFRACTION97
1.92-2.020.21511550.18912729X-RAY DIFFRACTION97
2.02-2.150.19261280.18042737X-RAY DIFFRACTION97
2.15-2.310.22351370.16862758X-RAY DIFFRACTION98
2.31-2.540.20511350.18092765X-RAY DIFFRACTION98
2.54-2.910.19521420.17952777X-RAY DIFFRACTION99
2.91-3.670.19181430.16472806X-RAY DIFFRACTION99
3.67-44.970.17731600.16262817X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8970.014-0.12741.5029-0.81011.83730.0126-0.08830.20970.13710.10910.2551-0.207-0.0454-0.10150.09690.00530.0270.1037-0.01770.1735-12.09116.276-18.127
20.92360.68511.90352.59091.65526.56430.0516-0.011-0.05050.10220.1402-0.31420.05280.386-0.19940.08090.0124-0.0020.141-0.03150.147-0.87515.223-22.012
34.0662-1.26220.58282.0026-0.01853.9631-0.1725-0.14920.45350.2219-0.0468-0.2216-0.3457-0.0650.12460.13880.0031-0.00830.0611-0.03040.14923.1748.392-8.274
41.95530.25470.19651.70690.27231.11340.02870.19410.1530.0005-0.09110.0979-0.0017-0.08120.03260.07320.01250.01780.0981-0.00890.0705-0.7581.427-12.42
50.60190.0893-0.78651.4687-2.22734.0992-0.09060.0834-0.0789-0.1026-0.2149-0.0167-0.14720.04260.29890.15520.0171-0.02620.127-0.02180.1043-1.6360.697-24.86
62.56110.1632-0.19781.72340.16270.9976-0.0437-0.1211-0.06890.14940.0067-0.00470.1185-0.00150.02510.08990.01-0.00250.0675-0.0040.04245.479-6.489-8.781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:112 )A1 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 113:134 )A113 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 135:156 )A135 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 157:179 )A157 - 179
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 180:199 )A180 - 199
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 200:298 )A200 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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