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- PDB-7mqx: P. putida mandelate racemase forms an oxobenzoxaborole adduct wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mqx
タイトルP. putida mandelate racemase forms an oxobenzoxaborole adduct with 2-formylphenylboronic acid
要素Mandelate racemase
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / Boronate / ISOMERASE / ISOMERASE-INHIBITOR complex / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mandelate racemase / mandelate racemase activity / mandelate catabolic process / amino acid catabolic process / hydro-lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / : / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like ...Mandelate racemase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / : / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(3S)-2,1-benzoxaborole-1,3(3H)-diol / Mandelate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.914 Å
データ登録者Grandinetti, L. / Bearne, S.L. / St.Maurice, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-05083 カナダ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Slow-Onset, Potent Inhibition of Mandelate Racemase by 2-Formylphenylboronic Acid. An Unexpected Adduct Clasps the Catalytic Machinery.
著者: Douglas, C.D. / Grandinetti, L. / Easton, N.M. / Kuehm, O.P. / Hayden, J.A. / Hamilton, M.C. / St Maurice, M. / Bearne, S.L.
履歴
登録2021年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase
B: Mandelate racemase
C: Mandelate racemase
D: Mandelate racemase
E: Mandelate racemase
F: Mandelate racemase
G: Mandelate racemase
H: Mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,32148
ポリマ－330,4378
非ポリマー2,88440
水38,7862153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: the homooctamer is the well-established oligomerization state of this enzyme
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32100 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area81380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.483, 149.430, 149.523
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase / MR


分子量: 41304.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: mdlA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11444, mandelate racemase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ZMD / (3S)-2,1-benzoxaborole-1,3(3H)-diol


分子量: 149.940 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7BO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Reservoir solution: PEG 3350 (3% w/v), Bis-Tris Propane (50 mM) Protein solution:P. putida mandelate racemase (6 mg/mL), 2-formylphenylboronic acid (1.0 mM), MgCl2 (3.3 mM), and Na+-HEPES ...詳細: Reservoir solution: PEG 3350 (3% w/v), Bis-Tris Propane (50 mM) Protein solution:P. putida mandelate racemase (6 mg/mL), 2-formylphenylboronic acid (1.0 mM), MgCl2 (3.3 mM), and Na+-HEPES buffer (50 mM, pH 7.5) The protein solution and reservoir solution were mixed in a 1:1 ratio to a final volume of 10 microliters

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→113.47 Å / Num. obs: 291736 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20.15 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.914→1.947 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.012 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 14397 / CC1/2: 0.721 / Rpim(I) all: 0.42 / Rrim(I) all: 1.099 / % possible all: 98.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å113.47 Å
Translation2.5 Å113.47 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UXK

3uxk


解像度: 1.914→40.606 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 14797 5.08 %
Rwork0.1872 276706 -
obs0.1886 291503 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 56.22 Å2 / Biso mean: 21.3997 Å2 / Biso min: 8.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.914→40.606 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21487 0 192 2153 23832
Biso mean--23.64 27.62 -
残基数----2857
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9142-1.9360.27784550.2571905998
1.936-1.95870.28624820.24259295100
1.9587-1.98260.30224810.24649254100
1.9826-2.00770.26584740.22589233100
2.0077-2.03410.26154700.21049271100
2.0341-2.0620.25924880.20129227100
2.062-2.09150.24834470.19669352100
2.0915-2.12270.25795040.20279216100
2.1227-2.15580.26514710.19899279100
2.1558-2.19120.2565020.29254100
2.1912-2.2290.2294860.19329279100
2.229-2.26950.21634870.18929260100
2.2695-2.31310.2455150.19239197100
2.3131-2.36030.24075240.19179216100
2.3603-2.41170.24815550.1983920699
2.4117-2.46780.22445640.1871911499
2.4678-2.52950.22685370.1858921699
2.5295-2.59780.24144520.1951916599
2.5978-2.67430.22034550.1908873094
2.6743-2.76060.22075170.18779205100
2.7606-2.85920.22285640.19089206100
2.8592-2.97370.20214870.18089271100
2.9737-3.10890.22044320.18959373100
3.1089-3.27280.21814630.19419305100
3.2728-3.47770.2125010.18639333100
3.4777-3.74610.18064960.1737923199
3.7461-4.12270.17274690.1663926499
4.1227-4.71850.16674940.1679918099
4.7185-5.94190.185180.1767908797
5.9419-40.6060.18915070.16159428100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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