[日本語] English
万見
- PDB-7mdc: Full-length wildtype ClbP inhibited by hexanoyl-D-asparagine boro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mdc
タイトルFull-length wildtype ClbP inhibited by hexanoyl-D-asparagine boronic acid
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / colibactin peptidase / S12 peptidase / boronic acid inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-hexadec-9-enoate / Chem-YX7 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Velilla, J.A. / Volpe, M.R. / Gaudet, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120996 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA208834 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: A small molecule inhibitor prevents gut bacterial genotoxin production.
著者: Volpe, M.R. / Velilla, J.A. / Daniel-Ivad, M. / Yao, J.J. / Stornetta, A. / Villalta, P.W. / Huang, H.C. / Bachovchin, D.A. / Balbo, S. / Gaudet, R. / Balskus, E.P.
履歴
登録2021年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,71115
ポリマ－52,9711
非ポリマー3,74114
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS performed on protein solubilized in DDM. Conjugate analysis suggests the average protein molecular weight of the particles in the ClbP peak is approx. 110kDa, which ...根拠: light scattering, SEC-MALS performed on protein solubilized in DDM. Conjugate analysis suggests the average protein molecular weight of the particles in the ClbP peak is approx. 110kDa, which matches the molecular weight of the dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.718, 96.718, 183.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 52970.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: clbP / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q0P7K6, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 226分子

#2: 化合物
ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-97N / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-hexadec-9-enoate / 1-O-[(Z)-9-ヘキサデセノイル]-L-グリセロ-ル


分子量: 328.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O4
#5: 化合物 ChemComp-YX7 / [(1S)-3-amino-1-(hexanoylamino)-3-oxopropyl]boronic acid


分子量: 230.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19BN2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.26 % / 解説: Square plates grown in a sponge phase
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: Precipitant composition: 1 part 0.1M imidazole pH 7.8, 10% (v/v) PEG 400, 150 mM Li2SO4, 11 mM (S)-N-(3-amino-3-oxo-1-(4,4,5,5-tetramethyl-1,3,2-dioxaborolan-2-yl)propyl)hexanamide plus 3.5 ...詳細: Precipitant composition: 1 part 0.1M imidazole pH 7.8, 10% (v/v) PEG 400, 150 mM Li2SO4, 11 mM (S)-N-(3-amino-3-oxo-1-(4,4,5,5-tetramethyl-1,3,2-dioxaborolan-2-yl)propyl)hexanamide plus 3.5 parts 0.1M tris pH 7.2, 25%(v/v) PEG400, 200 mM Li2SO4
PH範囲: 7.2-7.8 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryojet cryocooler / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.58 Å / Num. obs: 24663 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 48.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2575 / Rpim(I) all: 0.08088 / Rrim(I) all: 0.2702 / Net I/σ(I): 8.06
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 1.887 / Num. unique obs: 2389 / CC1/2: 0.534 / CC star: 0.834 / Rpim(I) all: 0.5802 / Rrim(I) all: 1.975 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALS1.14.5-g19190e3b9-releaseデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7MDE

7mde


解像度: 2.7→45.58 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 1231 4.99 %
Rwork0.1926 23414 -
obs-24644 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3315 0 108 212 3635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92224714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0518540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.06491238
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.810.3651320.29892534X-RAY DIFFRACTION99.93
2.81-2.940.30081350.24662546X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.090.27851340.23532555X-RAY DIFFRACTION99.85
3.09-3.280.27831340.2182558X-RAY DIFFRACTION99.96
3.28-3.540.25911360.18852572X-RAY DIFFRACTION99.89
3.54-3.890.18531350.16322585X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.460.20171390.14692611X-RAY DIFFRACTION100
4.46-5.610.20311370.16832647X-RAY DIFFRACTION99.96
5.61-45.580.23981490.20012806X-RAY DIFFRACTION99.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.65130517603-0.2406775561130.2410369436862.41911821161-0.4852130540732.515612623450.0447576375609-0.07963964199990.1682417562730.0589077440501-0.139269692682-0.284849143124-0.0436383279150.2007267175740.009824368279320.3272913103530.03071559817340.03491290009260.3882318248920.02394897414780.56538355496823.18030180333.768663562349.1672583961
21.733913437530.1379146176390.1896971697321.16885619712-0.297255209421.202044618380.01088497798930.03497212744180.144832348714-0.13794667856-0.02700089294440.3023511039060.0206366169324-0.247475775239-0.01576903569980.3190559177740.01227855177030.01143064272690.361175212759-0.001979593445140.668032920937-11.076237029624.918640829145.1498381833
33.59570131235-0.2231559791710.6143688140230.7019560141130.672108012042.18439786689-0.14184327661-0.396655525126-0.1889829995560.5762649599190.2093239363920.450804634380.175018416097-0.168234230817-0.05129641029980.38616706663-0.01477862786320.0204598912550.4360657082460.03597285535760.622475507119-9.7462940074226.00795602157.3027856664
41.91285238777-0.4336412254810.5127497727481.222334872790.1988909538661.210373355560.055858156356-0.0849312216198-0.3809822988780.0182020688612-0.00760578281820.04270842939950.2883854265840.0788874232158-0.07980124959540.3225301210670.009919067372940.03048314539980.326755346340.02345849545930.6768435500677.5514787749821.150545711149.2362467677
52.04773906340.1508419522430.1691229161892.093013775420.699438316811.071024782080.2767664005270.735719227740.139841042703-0.586270669933-0.1908818185320.0587997131092-0.328067261965-0.0882122052960.03467543346160.346341444276-0.0160658588221-0.03453101942070.4448609147190.03815256849240.641920552081-1.0648482216432.294540237633.9445277444
61.212850244070.05476437229260.3719498604861.14535432496-0.9285070242540.906704503028-0.0188802507015-0.1195892525790.4989445691440.1099832010210.03590541126470.1094620722-0.2487672009060.04936613799360.03192071842730.293344322124-0.003190027613210.02568287119170.358953163522-0.03854944557250.5191427319899.557365174940.117438582946.0392012704
71.842254159270.1425608654110.9312474456561.5727799029-0.1843642354641.856182896530.133698823366-0.338050300550.4349739410050.704441463926-0.3268814639490.18924468954-0.428723224813-0.1531548627160.0349374728860.781478933111-0.153680215757-0.01356274253210.670832667135-0.1341038145150.61468072529111.815499039840.729389354682.8277514009
82.044069877561.61039229461.149705706961.847195848650.8229760547050.6563116911310.766001499295-1.305422440070.1703128728060.739200370973-0.4148286324790.2985118231440.553210084343-0.5768269486910.3609041643610.906448333182-0.1406267925420.2807849553391.24436739351-0.2583024489120.557446572317-1.7054272282830.450565091389.0721762936
91.46962844824-0.167107561481-0.001815221302571.581978557130.1795424994623.42045973667-0.0510235236657-0.654745337409-0.5449691875890.460653124425-0.1506551763540.3192549630440.533947156817-0.3693988862340.0650984672940.599927719451-0.03989549310950.0110621333740.8672152888270.2032982746060.6255733841493.5725462447231.922571967180.8714560411
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 36 through 93 )36 - 931 - 58
22chain 'A' and (resid 94 through 151)94 - 15159 - 116
33chain 'A' and (resid 152 through 187 )152 - 187117 - 152
44chain 'A' and (resid 188 through 278 )188 - 278153 - 243
55chain 'A' and (resid 279 through 305 )279 - 305244 - 270
66chain 'A' and (resid 306 through 381 )306 - 381271 - 346
77chain 'A' and (resid 382 through 408 )382 - 408347 - 373
88chain 'A' and (resid 409 through 454 )409 - 454374 - 401
99chain 'A' and (resid 455 through 491 )455 - 491402 - 438

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る