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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m9x | ||||||
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タイトル | HIV-1 Protease (I84V) in Complex with NR02-79 | ||||||
要素 | Protease | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV / NL4-3 PROTEASE / DRUG RESISTANCE / PROTEASE INHIBITOR / COMPLEX / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.831 Å | ||||||
データ登録者 | Lockbaum, G.J. / Schiffer, C.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: HIV-1 Protease (I84V) in Complex with NR02-79 著者: Lockbaum, G.J. / Schiffer, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7m9x.cif.gz | 93.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7m9x.ent.gz | 70.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7m9x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7m9x_validation.pdf.gz | 781.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7m9x_full_validation.pdf.gz | 785.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7m9x_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7m9x_validation.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/7m9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/7m9x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6dgxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10817.807 Da / 分子数: 2 / 変異: I84V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | ChemComp-YUA / ( | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 23-24% (w/v) Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris-Methane-HCl Buffer pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→26.55 Å / Num. obs: 16502 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 34.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 1601 / % possible all: 81.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6dgx 解像度: 1.831→26.546 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.86 Å2 / Biso mean: 27.9593 Å2 / Biso min: 8.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.831→26.546 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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