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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lrk | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of BPTF bromodomain in complex with inhibitor Pdy-3-093 | |||||||||
要素 | Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF | |||||||||
キーワード | GENE REGULATION/INHIBITOR / BPTF / bromodomain / inhibitor / GENE REGULATION / GENE REGULATION-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / methylated histone binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding ...NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / methylated histone binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å | |||||||||
データ登録者 | Chan, A. / Schonbrunn, E. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: New Design Rules for Developing Potent Cell-Active Inhibitors of the Nucleosome Remodeling Factor (NURF) via BPTF Bromodomain Inhibition. 著者: Zahid, H. / Buchholz, C.R. / Singh, M. / Ciccone, M.F. / Chan, A. / Nithianantham, S. / Shi, K. / Aihara, H. / Fischer, M. / Schonbrunn, E. / Dos Santos, C.O. / Landry, J.W. / Pomerantz, W.C.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lrk.cif.gz | 122 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lrk.ent.gz | 93.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lrk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lrk_validation.pdf.gz | 976.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lrk_full_validation.pdf.gz | 978.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7lrk_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lrk_validation.cif.gz | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lrk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7lp0C 7lpkC 7lroC 7rwnC 7rwoC 7rwpC 7rwqC 7k6rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14455.415 Da / 分子数: 2 / 断片: BPTF bromodomain (uniprot residues 2917-3037) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPTF, FAC1, FALZ / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12830 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 and 25% polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.44→38.3 Å / Num. obs: 43465 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.44→1.48 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2851 / CC1/2: 0.876 / Rrim(I) all: 0.453 / % possible all: 88.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7K6R 解像度: 1.44→38.28 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.5 Å2 / Biso mean: 11.8094 Å2 / Biso min: 3.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.44→38.28 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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