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- PDB-7lm4: The crystal structure of the I38T mutant PA Endonuclease (2009/H1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lm4
タイトルThe crystal structure of the I38T mutant PA Endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with SJ000988503
要素Polymerase acidic protein
キーワードVIRAL PROTEIN / NUCLEASE / INFLUENZA / INHIBITOR RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Hexa Vinylpyrrolidone K15 / Chem-Y5V / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Slavish, P.J. / Jayaraman, S. / Rankovic, Z. / White, S.W.
引用
ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Chemical scaffold recycling: Structure-guided conversion of an HIV integrase inhibitor into a potent influenza virus RNA-dependent RNA polymerase inhibitor designed to minimize resistance potential.
著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / ...著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / Min, J. / Webby, R.J. / Rankovic, Z. / White, S.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5998
ポリマ－23,1361
非ポリマー1,4627
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area9610 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)89.216, 89.216, 131.779
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 23136.289 Da / 分子数: 1 / 変異: I38T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: C3W5S0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 42分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-Y5V / 5-hydroxy-N-[2-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)ethyl]-2-(2-methylphenyl)-6-oxo-1,6-dihydropyrimidine-4-carboxamide


分子量: 395.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-QQ4 / Hexa Vinylpyrrolidone K15 / 1,1',1'',1''',1'''',1'''''-[(3R,5R,7R,9S,11R)-dodecane-1,3,5,7,9,11-hexayl]hexa(pyrrolidin-2-one)


分子量: 668.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56N6O6
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 1 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM MNCL2, 10 MM MGCL2, 0.5% PVP K15

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→45.57 Å / Num. obs: 11436 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 50.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.949 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1101 / CC1/2: 0.691 / Rpim(I) all: 0.442 / Rrim(I) all: 1.134 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vpt

5vpt


解像度: 2.35→39.41 Å / SU ML: 0.2865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.7865
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 536 4.69 %
Rwork0.2073 10898 -
obs0.2091 11434 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1468 0 87 35 1590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61372147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5987579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.590.33161400.26712651X-RAY DIFFRACTION99.96
2.59-2.960.27811120.26452699X-RAY DIFFRACTION99.96
2.96-3.730.2551380.21672703X-RAY DIFFRACTION99.96
3.73-39.410.2261460.18212845X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.317000826662.25137829572-4.783926155066.404093613240.5675976555823.391134265460.290414124884-0.64845328734-0.4142703645672.013733365840.683875567352-0.610837329419-0.1645681408520.479827830509-1.028696449570.7737997268880.0109099391823-0.1258803597720.6311043020170.0946359998620.634862013292-21.1660559826-28.7736122373-1.08923662583
26.09760017622-1.363041903511.832174579889.465839196294.124550416452.740141558420.181386835751-0.426631172713-0.4041511417631.134313202770.0484676377888-1.362012413160.9659561044361.2981357812-0.2628811728620.6937991706860.0509982231879-0.06653995418190.8705691839280.2926385780740.669165551025-17.5495579189-39.2341549753-4.14454175555
35.775951152591.737445351135.149418471484.938850361313.784984750647.63584377728-0.175467506994-0.1879276226130.1931462174440.208132198776-0.0193292830320.1412157971150.478391626465-0.05842250349580.1231725246710.376859360167-0.06324173564570.03859136987340.429891148930.1794759037390.47555845403-22.8639712386-36.0584550383-14.0914332174
42.90173468946-0.669720347939-0.8371469422587.44178192784-0.3977237084142.59376953811-0.3608139915230.318308124674-0.295504707022-0.4569744454190.179466841075-0.1631976439070.3249761648840.5073186031610.1616894474710.414230306866-0.04932636486840.1740849759790.5516677576120.1264198613220.409201558037-21.1797197269-48.4116099077-22.040596278
58.75419525533-3.729368937981.663432103692.13396303323-0.4519695655087.283492805940.4927743801340.1123672753090.284094494489-0.8950292510780.236659963496-0.431597393094-0.126144132192-0.709411455442-0.8078910516270.660072820691-0.2140913546360.179584194491.298681966110.1233182691490.683971203317-10.650408723-35.6851185164-26.8620292187
63.09955391526-1.17055411396-0.1932392986818.030340088534.573264741528.29865954259-0.07617006812680.4837116622930.415135744417-0.874505053596-0.0142417946676-0.868376676306-0.498787965574-0.0718502910970.0914280193130.473440328696-0.1935932338370.1042642585120.6637360245190.2063462429130.449557004587-20.6714798697-36.6218828308-29.2396678343
70.821648840533-1.960110661380.08336721292214.255699959332.261717881344.6113093802-0.223473991405-0.1490316637130.468686128761-0.205559342896-0.1035392771640.0184097595098-0.6668802116770.5018507539860.1709464266870.413032969473-0.220349607904-0.06244381452930.5617377904370.3091432456650.455550040522-23.2002594389-25.0871545458-16.7742931168
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -6 through 10 )-6 - 101 - 17
22chain 'A' and (resid 11 through 31 )11 - 3118 - 38
33chain 'A' and (resid 32 through 50 )32 - 5039 - 57
44chain 'A' and (resid 51 through 126 )51 - 12658 - 114
55chain 'A' and (resid 127 through 138 )127 - 138115 - 126
66chain 'A' and (resid 139 through 164 )139 - 164127 - 152
77chain 'A' and (resid 165 through 195 )165 - 195153 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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