+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l16 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of sugar-bound melibiose permease MelB | |||||||||
![]() | Melibiose carrier protein | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / MFS-fold / galactoside binding / secondary active transport / MelB | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Guan, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystallography reveals molecular recognition mechanism for sugar binding in a melibiose transporter MelB. 著者: Guan, L. / Hariharan, P. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 327.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 227 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 785.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 792 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54092.496 Da / 分子数: 1 / 変異: D59C, M5L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 細胞株: LT2 / 遺伝子: melB, STM4299 / プラスミド: pK95 / 詳細 (発現宿主): pK95 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 糖 | ChemComp-LMO / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.35 % / 解説: Rod |
---|---|
結晶化 | 温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50 mM BaCl2, 50 mM CaCl2, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 29-32% PEG 400, 0.015% DDMB, 10% PEG3350 PH範囲: 6.5 - 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月19日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→29.35 Å / Num. obs: 16973 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 96.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.12 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 1.1463 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3080 / CC1/2: 0.788 / Rpim(I) all: 0.477 / Rrim(I) all: 1.539 / Χ2: 0.89 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: MelB D59C with aNPG submitted 解像度: 3.15→29.35 Å / SU ML: 0.3867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.802 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 103.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→29.35 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -25.0960065607 Å / Origin y: 50.6654286047 Å / Origin z: -6.13688007058 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |