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- PDB-7l16: Crystal structure of sugar-bound melibiose permease MelB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l16
タイトルCrystal structure of sugar-bound melibiose permease MelB
要素Melibiose carrier protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MFS-fold / galactoside binding / secondary active transport / MelB
機能・相同性
機能・相同性情報


symporter activity / sodium ion transport / carbohydrate transport / transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:galactoside symporter / Sodium:galactoside symporter, conserved site / Sodium:galactoside symporter family signature. / Lactose permease-like / MFS/sugar transport protein / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dodecyl melibioside / Chem-LMO / Melibiose permease
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Guan, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM122759 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R21NS105863 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: X-ray crystallography reveals molecular recognition mechanism for sugar binding in a melibiose transporter MelB.
著者: Guan, L. / Hariharan, P.
履歴
登録2020年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melibiose carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6032
ポリマ－54,0921
非ポリマー5111
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.372, 127.372, 103.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Melibiose carrier protein / Melibiose permease / Melibiose transporter / Na+ (Li+)/melibiose symporter / Thiomethylgalactoside permease II


分子量: 54092.496 Da / 分子数: 1 / 変異: D59C, M5L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 細胞株: LT2 / 遺伝子: melB, STM4299 / プラスミド: pK95 / 詳細 (発現宿主): pK95 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DW2 / Variant (発現宿主): melBlacYZ / 参照: UniProt: P30878
#2: 糖 ChemComp-LMO / dodecyl 6-O-alpha-D-galactopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / DDMB / dodecyl melibioside


タイプ: saccharide, Polysaccharide / クラス: タンパク質結合 / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: Dodecyl melibioside
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.35 % / 解説: Rod
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 50 mM BaCl2, 50 mM CaCl2, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 29-32% PEG 400, 0.015% DDMB, 10% PEG3350
PH範囲: 6.5 - 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月19日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→29.35 Å / Num. obs: 16973 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 96.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.12 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 3.15→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 1.1463 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3080 / CC1/2: 0.788 / Rpim(I) all: 0.477 / Rrim(I) all: 1.539 / Χ2: 0.89 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3936精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MelB D59C with aNPG submitted

解像度: 3.15→29.35 Å / SU ML: 0.3867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.802
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2977 1706 10.05 %
Rwork0.273 15267 -
obs0.2754 16973 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 103.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3561 0 35 0 3596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51965021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0363594
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.066506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.240.33141410.32831275X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.350.34321410.30721265X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.470.37471440.34871258X-RAY DIFFRACTION99.86
3.47-3.610.3021370.34391239X-RAY DIFFRACTION98.29
3.61-3.770.45911310.39491179X-RAY DIFFRACTION91.87
3.77-3.970.34341400.3291240X-RAY DIFFRACTION96.71
3.97-4.210.29581450.2941286X-RAY DIFFRACTION100
4.22-4.540.26311440.25771256X-RAY DIFFRACTION100
4.54-4.990.2941400.23961308X-RAY DIFFRACTION100
5-5.710.31481470.25671289X-RAY DIFFRACTION100
5.72-7.180.29331460.27881319X-RAY DIFFRACTION100
7.19-29.350.23721500.21611353X-RAY DIFFRACTION99.27
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.0960065607 Å / Origin y: 50.6654286047 Å / Origin z: -6.13688007058 Å
111213212223313233
T0.41567135325 Å2-0.0680571046813 Å20.0731099531072 Å2-0.944274917607 Å20.0258822111584 Å2--0.965852973239 Å2
L3.51835974773 °20.777601573742 °20.228352149364 °2-1.99528215542 °20.181240589999 °2--2.77104435704 °2
S0.326261581689 Å °0.316268203049 Å °0.0765050361261 Å °0.0761976944845 Å °-0.171240306407 Å °0.0786933747564 Å °0.141647854216 Å °0.0168170717582 Å °-0.151223237634 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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