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- PDB-7kn1: Crystal structure of UDP-glucose-4-epimerase (galE) from Stenotro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kn1
タイトルCrystal structure of UDP-glucose-4-epimerase (galE) from Stenotrophomonas maltophila with bound NAD and formylated UDP-arabinopyranose
要素UDP-glucose 4-epimerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / UDP-glucose-4-epimerase / UDP-xylose-4-epimerase / galE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / galactose metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose 4-epimerase / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose / UDP-glucose 4-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of UDP-glucose-4-epimerase (galE) from Stenotrophomonas maltophila with bound NAD and formylated UDP-arabinopyranose
著者: Bolejack, M.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project ...audit_author / pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose 4-epimerase
B: UDP-glucose 4-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,11421
ポリマ－76,7292
非ポリマー3,38419
水15,601866
1
A: UDP-glucose 4-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,08811
ポリマ－38,3651
非ポリマー1,72310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-glucose 4-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,02610
ポリマ－38,3651
非ポリマー1,6619
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.270, 79.420, 153.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UDP-glucose 4-epimerase


分子量: 38364.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: galE, Smlt3413 / プラスミド: StmaA.00085.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FNY6, UDP-glucose 4-epimerase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-WQD / UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S})-5-formamido-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate


分子量: 563.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N3O16P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: StmaA.00085.a.B1.PW38702 at 24.25 mg/ml was combined 1:1 (0.4 uL protein/precipitant) with 0.2 M Ammonium citrate dibasic, pH 5.0, and 20% (w/v) PEG 3350 and stored at 14C. No additional ...詳細: StmaA.00085.a.B1.PW38702 at 24.25 mg/ml was combined 1:1 (0.4 uL protein/precipitant) with 0.2 M Ammonium citrate dibasic, pH 5.0, and 20% (w/v) PEG 3350 and stored at 14C. No additional ligand was added for crystallization. Tray 312986f3; puck ocs5-3.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月21日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→43.08 Å / Num. obs: 156730 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.851 % / Biso Wilson estimate: 18.147 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 13.43 / Num. measured all: 917081 / Scaling rejects: 28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.45-1.496.030.4853.926913511467114650.8930.53100
1.49-1.536.0250.4044.766765411234112290.920.442100
1.53-1.576.0170.3345.736572610927109230.9440.365100
1.57-1.625.9840.2726.886344410610106030.9570.29999.9
1.62-1.675.9840.2357.836138210263102580.9680.258100
1.67-1.735.9360.1969.0959057996199490.9770.21599.9
1.73-1.85.9050.16210.5256515957895700.9830.17899.9
1.8-1.875.8430.13612.0854150927592680.9870.1599.9
1.87-1.965.7650.11313.8851357892489090.9890.12599.8
1.96-2.055.7090.09515.6948385849284750.9920.10499.8
2.05-2.165.660.08217.6545651808780650.9920.0999.7
2.16-2.295.660.07518.8643456770276780.9930.08299.7
2.29-2.455.6730.0719.9440850722072010.9940.07799.7
2.45-2.655.7090.06521.3138442676767340.9950.07199.5
2.65-2.95.7180.05922.8135555624262180.9950.06599.6
2.9-3.245.7070.05523.8732068564356190.9960.06199.6
3.24-3.745.7530.04925.4528800502750060.9960.05499.6
3.74-4.595.7850.04626.4624702428042700.9970.05199.8
4.59-6.485.9060.04326.5619826336833570.9970.04799.7
6.48-43.085.6520.03626.4210926195519330.9980.0498.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19rc-4022精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1udc

1udc


解像度: 1.45→43.08 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1768 2014 1.29 %
Rwork0.1593 154619 -
obs0.1596 156633 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.2 Å2 / Biso mean: 16.1919 Å2 / Biso min: 4.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→43.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5090 0 220 888 6198
Biso mean--15.68 30.41 -
残基数----672
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.45-1.490.24531390.21231088411023
1.49-1.530.20771310.19271099211123
1.53-1.570.21651390.18531098511124
1.57-1.620.19581440.18091094711091
1.62-1.680.19591490.17651097111120
1.68-1.750.20191310.1751093611067
1.75-1.830.19041500.1691098811138
1.83-1.920.16651470.16591102711174
1.92-2.040.19881450.16321099211137
2.04-2.20.16571300.1591105611186
2.2-2.420.17741490.16081104811197
2.42-2.770.1771660.15751106411230
2.77-3.490.16221500.14511117211322
3.49-43.080.1491440.13591155711701
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.493-0.08430.27280.755-0.12181.4399-0.01740.03270.0825-0.0007-0.01560.0107-0.1151-0.0030.03520.0534-0.0057-0.00270.05680.00030.0666-8.5539-11.17037.4718
21.58520.0450.37080.6621-0.23921.21660.0554-0.0848-0.17170.0365-0.00330.02730.1642-0.1161-0.02590.0716-0.0122-0.00350.08530.01560.0693-16.7927-27.549313.6158
30.5514-0.0255-0.10070.63840.33541.10510.0210.01840.01220.01010.012-0.0130.064-0.0246-0.04270.060.0034-0.02040.08330.00340.073-16.7279-24.5254-1.2857
40.6013-0.206-0.33030.78980.35611.67860.04890.0957-0.0347-0.0533-0.0015-0.03080.059-0.0102-0.03640.06630.0032-0.03060.1185-0.00410.0771-17.0113-27.6002-9.5746
50.9890.01940.10790.5471-0.14631.4283-0.0133-0.01910.00620.05150.0003-0.0692-0.0470.08730.01580.0726-0.0054-0.00160.04410.00280.06566.3702-23.426535.0623
60.3247-0.06870.45051.5483-0.31260.89780.01270.0471-0.1077-0.09720.05780.19670.1135-0.1031-0.03210.0778-0.0132-0.00980.05710.00690.0766-6.9202-35.674128.3604
70.70160.0976-0.42360.77660.04451.42130.01190.0118-0.00260.05910.01120.0425-0.0671-0.1329-0.01280.08410.02290.00430.05880.02440.0729-6.4922-36.231744.9295
82.6387-0.3641-0.21684.157-0.83951.83660.1707-0.2210.23620.3346-0.0868-0.0228-0.39040.0047-0.05350.19940.01260.03540.10230.00110.0779-1.5696-29.27257.8008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 114 )A-1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 115 through 165 )A115 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 166 through 267 )A166 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 268 through 334 )A268 - 334
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 114 )B0 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 115 through 165 )B115 - 165
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 166 through 316 )B166 - 316
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 317 through 335 )B317 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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