PDB-7fzv: Crystal Structure of human FABP4 in complex with 1-[(2,4-dichloro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fzv

タイトル

Crystal Structure of human FABP4 in complex with 1-[(2,4-dichlorophenyl)methyl]-4-hydroxy-3-[(E)-3-phenylprop-2-enyl]pyridin-2-one, i.e. SMILES C1(=C(C=CN(C1=O)Cc1c(cc(cc1)Cl)Cl)O)C/C=C/c1ccccc1 with IC50=0.557 microM

要素

Fatty acid-binding protein, adipocyte

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / cellular response to lithium ion / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Ehler, A. / Benz, J. / Obst, U. / Brunner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human FABP4 complex
著者: Obst, U. / Magnone, C. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2023年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fzv.cif.gz	121.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fzv.ent.gz	96.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/7fzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/7fzv	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002264 (222エントリ) 7fvu 7fvv 7fvw 7fvx 7fvy 7fvz 7fw0 7fw1 7fw2 7fw3
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of fabp crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid-binding protein, adipocyte

B: Fatty acid-binding protein, adipocyte

ヘテロ分子

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fatty acid-binding protein, adipocyte

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fatty acid-binding protein, adipocyte

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.496, 137.496, 137.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	207
Space group name H-M	P432

#1: タンパク質	Fatty acid-binding protein, adipocyte / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / A-FABP / AFABP ...Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / A-FABP / AFABP / Fatty acid-binding protein 4 分子量: 15022.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15090
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-O1L / 1-[(2,4-dichlorophenyl)methyl]-4-hydroxy-3-[(2E)-3-phenylprop-2-en-1-yl]pyridin-2(1H)-one 分子量: 386.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₇Cl₂NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein in 25mM Tris/HCl pH 7.5 100mM NaCl, see also PMID 27658368

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→45.83 Å / Num. obs: 15094 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.198 % / B_iso Wilson estimate: 70.454 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.227 / R_rim(I) all: 0.23 / Χ²: 0.807 / Net I/σ(I): 18.26 / Num. measured all: 576555 / Scaling rejects: 21

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.55-2.62	40.304	5.252	0.94	43810	1086	1087	0.371	5.319	100
2.62-2.69	40.152	3.581	1.43	42400	1056	1056	0.535	3.626	100
2.69-2.77	39.524	2.975	1.84	40828	1033	1033	0.683	3.013	100
2.77-2.85	37.734	2.321	2.44	37696	1000	999	0.791	2.352	99.9
2.85-2.94	38.738	1.749	3.3	37653	972	972	0.877	1.772	100
2.94-3.05	40.462	1.334	4.5	38358	948	948	0.958	1.351	100
3.05-3.16	40.244	0.879	6.83	36220	900	900	0.97	0.89	100
3.16-3.29	39.253	0.58	10.32	35249	898	898	0.987	0.588	100
3.29-3.44	37.614	0.376	15.21	31784	845	845	0.993	0.381	100
3.44-3.61	36.941	0.272	20.28	30070	814	814	0.995	0.276	100
3.61-3.8	38.722	0.227	22.9	29932	773	773	0.997	0.23	100
3.8-4.03	38.973	0.2	26.18	28801	739	739	0.997	0.202	100
4.03-4.31	37.883	0.145	32.52	26556	701	701	0.999	0.147	100
4.31-4.66	35.044	0.108	41.18	22919	654	654	0.999	0.11	100
4.66-5.1	36.791	0.103	42.65	22406	609	609	0.999	0.104	100
5.1-5.7	38.066	0.099	42.55	21203	557	557	0.999	0.101	100
5.7-6.58	35.392	0.091	44.26	17696	500	500	0.999	0.093	100
6.58-8.06	34.609	0.079	47.78	15055	435	435	0.999	0.08	100
8.06-11.4	33.25	0.05	63.58	11704	353	352	0.999	0.051	99.7
11.4-45.83	27.995	0.036	66.13	6215	228	222	1	0.037	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0403	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.55→45.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 24.24 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: weak ligand density with some close contacts but rather confident placement awkward conformation of phenyl-allyl group but supported by electron density for phenyl

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2517	726	5 %	RANDOM
R_work	0.1954	-	-	-
obs	0.1983	13715	95.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 148 Å² / B_iso mean: 64.08 Å² / B_iso min: 35.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→45.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2100	0	82	6	2188
B_iso mean	-	-	91.42	43.11	-
残基数	-	-	-	-	270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	1.675	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.51	1.583	4772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.522	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.281	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.549	10	410
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.126	4.799	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.123	4.798	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.815	8.617	1344

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.478	43	-
R_work	0.425	891	-
all	-	934	-
obs	-	-	87.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.034	-0.1117	-1.7143	0.1109	-0.1472	3.0049	-0.0335	-0.3931	0.1316	-0.0466	0.0872	0.0767	0.1327	0.2717	-0.0537	0.08	-0.0035	-0.0234	0.1211	0.0598	0.1052	47.3256	-8.6034	-54.4687
2	0.2097	0.1616	-0.9573	0.1615	-0.7604	4.5828	-0.0825	-0.001	-0.0214	0.0094	0.0186	-0.0262	0.3449	0.1395	0.0639	0.2039	0.0196	-0.0034	0.1325	0.0102	0.1002	52.9234	-19.2302	-74.1508
3	5.1106	-0.162	-2.8368	0.3938	-0.2094	4.59	0.0466	-0.0289	0.0527	-0.0736	-0.0385	0.1287	0.0698	0.0278	-0.0081	0.0829	-0.0121	-0.0398	0.0561	0.0451	0.118	40.1258	-8.766	-60.2837
4	2.633	-1.0129	0.3753	0.4311	-0.4837	3.1544	0.0952	0.1045	-0.5297	-0.0141	-0.0304	0.1939	0.0787	-0.1251	-0.0647	0.1912	-0.0606	-0.0751	0.031	-0.0074	0.1738	37.7588	-18.1867	-64.5521
5	1.7209	0.7717	0.8028	0.3972	0.2083	2.2889	0.1589	-0.1407	-0.1662	0.0141	0.0186	0.0264	0.5	0.0928	-0.1775	0.2344	0.0007	-0.0345	0.103	0.123	0.2352	44.8786	-22.3872	-58.8142
6	0.2107	0.4134	0.2493	4.8777	2.4239	2.6017	0.0509	-0.1447	-0.0411	-0.081	0.0752	-0.0179	0.3049	0.1267	-0.1262	0.1616	0.0042	-0.0201	0.1495	0.0299	0.1167	52.7669	-15.6796	-59.274
7	1.5652	1.675	-0.6028	1.8473	-0.64	0.236	-0.0368	0.2468	0.2025	-0.0212	0.1501	0.2388	0.004	-0.1135	-0.1133	0.011	0.0019	0.0059	0.2412	0.0613	0.1875	27.1119	-0.0465	-87.2701
8	4.5001	1.1212	-0.0666	1.599	0.1675	0.6175	-0.0443	0.1671	-0.032	0.0745	0.1126	0.4198	0.1666	-0.1856	-0.0683	0.1015	-0.0842	0.0341	0.0977	0.0376	0.1947	20.9818	-13.0935	-78.9617
9	9.3786	-0.0937	-6.0748	0.6891	-0.9041	5.3583	-0.0222	0.0067	-0.2767	0.0542	-0.0526	0.0117	-0.0405	0.038	0.0748	0.0937	-0.0087	-0.005	0.0735	0.0199	0.1364	36.5517	-4.9606	-81.7092
10	7.9306	0.311	-7.4328	1.4947	0.5741	7.4879	-0.1335	0.1349	-0.1608	0.0499	-0.0991	0.1565	0.1999	-0.2078	0.2326	0.1118	-0.0469	-0.0042	0.1195	0.022	0.1025	30.6914	-9.922	-75.5497
11	2.3379	-0.0361	0.5633	0.411	-0.1404	1.7441	0.071	0.2279	-0.1127	0.0395	-0.1785	-0.0137	0.1596	0.0385	0.1075	0.1478	-0.0623	0.0053	0.114	-0.0219	0.1371	35.9103	-16.3106	-85.23
12	3.3213	0.1041	0.3997	5.643	-2.3429	1.0326	0.1339	0.188	-0.0153	-0.4591	-0.0643	0.2319	0.2123	0.0606	-0.0697	0.2059	-0.1039	0.009	0.1479	-0.0184	0.0831	31.2989	-15.3497	-90.7174
13	0.695	-1.5205	-0.2638	9.6893	-0.5422	0.4266	0.0436	0.1588	-0.0218	-0.1452	-0.0959	0.2716	0.0721	-0.1615	0.0523	0.0827	-0.0449	-0.0012	0.1266	-0.0019	0.1348	24.678	-10.3793	-90.4677
14	1.9853	3.0094	1.0479	8.9662	1.3569	1.2045	-0.0632	0.2961	0.0584	0.1111	0.2038	0.1353	0.1324	-0.1226	-0.1406	0.0878	-0.1058	0.0092	0.2042	0.053	0.1539	20.2434	-8.2007	-87.0426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-3 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	37 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	55 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	88 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	110 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	-3 - 14
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	15 - 45
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	46 - 54
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	55 - 64
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	65 - 87
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	88 - 97
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	98 - 119
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	120 - 131

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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