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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fsg | ||||||
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タイトル | SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z56772132 | ||||||
![]() | Syntenin-1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer | ||||||
機能・相同性 | ![]() interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / neurexin family protein binding / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion ...interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / neurexin family protein binding / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion / frizzled binding / negative regulation of receptor internalization / protein targeting to membrane / Ephrin signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / growth factor binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of phosphorylation / cell adhesion molecule binding / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / ephrin receptor binding / adherens junction / positive regulation of JNK cascade / ionotropic glutamate receptor binding / Regulation of necroptotic cell death / azurophil granule lumen / extracellular vesicle / melanosome / presynapse / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / chemical synaptic transmission / nuclear membrane / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / blood microparticle / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / membrane raft / protein heterodimerization activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: SDCBP PanDDA analysis group deposition 著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 313.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 257.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 954.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 964.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002262 (34エントリ) |
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タイトル | SDCBP PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | XDomainX of XOrganismX SDCBP screened against the XXX Fragment Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bluS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 21430.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 380分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/DGL.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/YG9.gif)
![](data/chem/img/ALA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/DGL.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/YG9.gif)
![](data/chem/img/ALA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GLY / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ALA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Morpheus amino acids, 100 mM Morpheus buffer system 1, 43% Morpheus precipitant mix 3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9179 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.02→115.22 Å / Num. obs: 60354 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 208638 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8BLU 解像度: 2.02→115.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 15.78 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110 Å2 / Biso mean: 42.955 Å2 / Biso min: 21.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.02→115.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.021→2.073 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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