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- PDB-7flk: PanDDA analysis group deposition -- Aar2/RNaseH in complex with f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7flk
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Aar2/RNaseH in complex with fragment P05E08 from the F2X-Universal Library
要素
  • A1 cistron-splicing factor AAR2
  • Pre-mRNA-splicing factor 8
キーワードSPLICING / FRAGMAX / FRAGMAXAPP / fragment screening / RNaseH like domain / U5 SNRNP assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding ...generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AAR2 N-terminal domain / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain ...AAR2 N-terminal domain / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VKX / A1 cistron-splicing factor AAR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Barthel, T. / Wollenhaupt, J. / Lima, G.M.A. / Wahl, M.C. / Weiss, M.S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Large-Scale Crystallographic Fragment Screening Expedites Compound Optimization and Identifies Putative Protein-Protein Interaction Sites.
著者: Barthel, T. / Wollenhaupt, J. / Lima, G.M.A. / Wahl, M.C. / Weiss, M.S.
履歴
登録2022年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: A1 cistron-splicing factor AAR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1444
ポリマ－65,7112
非ポリマー4332
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area26660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.443, 82.058, 93.476
Angle α, β, γ (deg.)90, 108.42, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 29501.113 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1836-2090 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33334
#2: タンパク質 A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量: 36209.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AAR2, YBL074C, YBL06.06, YBL0611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32357
#3: 化合物 ChemComp-VKX / (5R,8aS)-8a-phenylhexahydropyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6(2H)-one


分子量: 216.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16N2O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 19% PEG4000, 3% DMSO, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→41.03 Å / Num. obs: 81711 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.89 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 12.93 / Num. measured all: 563082
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
4.82-41.036.860.03645.662180221802317931790.9980.03999.4
3.42-41.036.980.03843.983926739267562356230.9990.04199.8
2.79-41.036.840.0532.764953349533724572450.9980.05499.9
2.42-41.037.030.07821.125982259822850785070.9970.08599.9
2.16-41.037.090.12712.776859968599967596750.9930.13899.9
1.98-41.036.810.2466.44727177271710681106810.9790.26799.9
1.83-41.036.860.5452.82794807948011583115830.9190.58999.9
1.71-41.036.891.1951.19859728597212482124820.7091.29399.9
1.61-41.036.742.4130.53858908589012736127360.3282.61396.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
xdsapp3.1.5ddata processing
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.62→41.03 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 209