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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fhs | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of DYRK1A in complex with RD0392 | |||||||||||||||||||||||||||
要素 | Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A | |||||||||||||||||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE / DYRK1A / Kinase / Inhibitor | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / circadian rhythm / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / cytoskeleton / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kikuchi, M. / Sumida, T. / Hosoya, T. / Kii, I. / Umehara, T. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 8件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure-activity relationship for the folding intermediate-selective inhibition of DYRK1A. 著者: Miyazaki, Y. / Kikuchi, M. / Umezawa, K. / Descamps, A. / Nakamura, D. / Furuie, G. / Sumida, T. / Saito, K. / Kimura, N. / Niwa, T. / Sumida, Y. / Umehara, T. / Hosoya, T. / Kii, I. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fhs.cif.gz | 290.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fhs.ent.gz | 234.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fhs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fhs_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7fhs_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7fhs_validation.xml.gz | 52.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fhs_validation.cif.gz | 70.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7fhtC 3anrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42007.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase #2: 化合物 | ChemComp-4VZ / ( #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Bis-Tris propane (pH 8.0), 200 mM Sodium fluoride and 18 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.42→48.12 Å / Num. obs: 67838 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.42→2.48 Å / Num. unique obs: 4466 / Rsym value: 1.432 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ANR 解像度: 2.42→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 12.91 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.568 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.42→45 Å
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拘束条件 |
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