PDB-7fcy: Crystal structure of M.tuberculosis imidazole glycerol phosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fcy

タイトル

Crystal structure of M.tuberculosis imidazole glycerol phosphate dehydratase in complex with an inhibitor

要素

Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

キーワード

LYASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / imidazoleglycerol-phosphate dehydratase activity / L-histidine biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.848 Å

データ登録者

Tiwari, S. / Pal, R.K. / Biswal, B.K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of M.tuberculosis imidazole glycerol phosphate dehydratase in complex with an inhibitor
著者: Tiwari, S. / Pal, R.K. / Biswal, B.K.

履歴

登録	2021年7月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fcy.cif.gz	60.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fcy.ent.gz	40.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/7fcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/7fcy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ddvC 7dnqC 4gquS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

ヘテロ分子

23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
559 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.116, 113.116, 113.116
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	207
Space group name H-M	P432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- CL
2	1	A-500- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / IGPD 分子量: 22804.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: hisB, Rv1601, MTCY336.03c / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) 参照: UniProt: P9WML9, imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

#1: タンパク質

Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / IGPD

分子量: 22804.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: hisB, Rv1601, MTCY336.03c / 発現宿主:

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: UniProt: P9WML9, imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

-
非ポリマー , 6種, 181分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-47Z / (1S)-2-methyl-1-(2-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)propan-1-amine 分子量: 154.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 20% PEG1500, 0.2M sodium citrate tribasic dehydrate, 0.1M Tris HCL, pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.848→35 Å / Num. obs: 21801 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.8 % / CC_1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 34.5
反射シェル	解像度: 1.848→1.92 Å / Num. unique obs: 2108 / CC_1/2: 0.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4gqu

4gqu

解像度: 1.848→34.129 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1836	1088	4.991 %	5
R_work	0.1546	20713	-	-
all	0.156	-	-	-
obs	-	21801	99.927 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.873 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.848→34.129 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1456	0	26	174	1656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.829	1.659	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.502	1.584	3328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.454	5	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.957	20.706	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.954	15	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.912	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.262	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.231	0.2	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	736
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	698
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.825	2.285	789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.795	2.275	787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.614	3.406	987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.613	3.412	988
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.079	2.635	771
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.077	2.639	772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.468	3.794	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.466	3.8	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.798	29.107	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.641	28.544	1707

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.848-1.896	0.399	75	0.365	1480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.896-1.948	0.247	72	0.248	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
1.948-2.005	0.251	55	0.206	1440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.005-2.066	0.203	70	0.17	1371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.066-2.134	0.237	71	0.164	1352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.134-2.209	0.17	63	0.147	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.292	0.278	70	0.235	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.292-2.386	0.164	73	0.153	1204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.492	0.158	61	0.117	1160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.492-2.614	0.173	58	0.133	1132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.614-2.755	0.226	51	0.133	1070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.755-2.922	0.144	55	0.129	1004	X-RAY DIFFRACTION	99.9057
2.922-3.123	0.146	58	0.131	956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.123-3.374	0.197	60	0.139	883	X-RAY DIFFRACTION	100
3.374-3.695	0.21	47	0.169	828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.695-4.131	0.129	32	0.131	770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.131-4.769	0.11	40	0.11	685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.769-5.838	0.157	39	0.125	578	X-RAY DIFFRACTION	100
5.838-8.245	0.146	24	0.137	481	X-RAY DIFFRACTION	100
8.245-34	0.297	14	0.189	300	X-RAY DIFFRACTION	96.9136

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