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Yorodumi- PDB-7f97: Plasmodium falciparum Prolyl-tRNA Synthetase (PfPRS) in Complex w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f97 | ||||||
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Title | Plasmodium falciparum Prolyl-tRNA Synthetase (PfPRS) in Complex with L-proline and compound L97 | ||||||
Components | Proline--tRNA ligase | ||||||
Keywords | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / PROTEIN TRANSLATION / MALARIA / INHIBITOR / PRS / LIGASE / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ala-tRNA(Pro) hydrolase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum 3D7 (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.394 Å | ||||||
Authors | Mishra, S. / Malhotra, N. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: Iscience / Year: 2024 Title: ATP mimetics targeting prolyl-tRNA synthetases as a new avenue for antimalarial drug development Authors: Mishra, S. / Malhotra, N. / Laleu, B. / Chakraborti, S. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7f97.cif.gz | 795.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7f97.ent.gz | 665.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7f97.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/7f97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/7f97 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7f96C 4ydqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 57801.188 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 254-746 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum 3D7 (eukaryote) / Strain: isolate 3D7 / Gene: proRS, PFL0670c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase |
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-Non-polymers , 6 types, 76 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PRO / #3: Chemical | ChemComp-1XK / #4: Chemical | ChemComp-BU1 / | #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-HEZ / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol, 0.2M 2-Propanol, 0.2M 1,4-Butanediol, 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1 M Buffer (Tris (base), BICINE), 37.5 % v/v ...Details: 0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol, 0.2M 2-Propanol, 0.2M 1,4-Butanediol, 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1 M Buffer (Tris (base), BICINE), 37.5 % v/v Precipitant (25% v/v MPD, 25% PEG 1000, 25% w/v PEG 3350) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 17, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.39→46.87 Å / Num. obs: 86094 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 9.3 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 12.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.39→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 13406 / CC1/2: 0.34 / Rrim(I) all: 2.547 / % possible all: 97.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4YDQ Resolution: 2.394→41.902 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 148.21 Å2 / Biso mean: 74.829 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.394→41.902 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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