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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f11 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NsrQ M128I in complex with substrate analogue 7 | ||||||
![]() | NsrQ | ||||||
![]() | ISOMERASE / tetrahydroxanthones / blennolides | ||||||
機能・相同性 | : / 酸化還元酵素 / NTF2-like domain superfamily / monooxygenase activity / Chem-0ER / Monooxygenase nsrQ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, J. / Mori, T. / Abe, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Isomerization Reactions in Fungal Tetrahydroxanthone Biosynthesis and Diversification. 著者: Yang, J. / Mori, T. / Wei, X. / Matsuda, Y. / Abe, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19211.818 Da / 分子数: 2 / 変異: M128I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-0ER / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES (pH7.5), 20% w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→48.66 Å / Num. obs: 44119 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20.29 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2170 / CC1/2: 0.799 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7F0O 解像度: 1.6→48.66 Å / SU ML: 0.1886 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.7495 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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