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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f0i | ||||||
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タイトル | phosphodiesterase-9A in complex with inhibitor 4b | ||||||
要素 | Isoform PDE9A2 of High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cGMP metabolic process / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cGMP-mediated signaling / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / ruffle membrane / sarcolemma ...cGMP metabolic process / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cGMP-mediated signaling / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / ruffle membrane / sarcolemma / perikaryon / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.70000890032 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, Y. / Huang, Y.Y. / Luo, H.B. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Discovery of Potent Phosphodiesterase-9 Inhibitors for the Treatment of Hepatic Fibrosis 著者: Wu, Y. / Wang, Q. / Jiang, M.Y. / Huang, Y.Y. / Zhu, Z. / Han, C. / Tian, Y.J. / Zhang, B. / Luo, H.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f0i.cif.gz | 153 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f0i.ent.gz | 114.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f0i_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f0i_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7f0i_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f0i_validation.cif.gz | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f0i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6a3nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61789.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE9A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: O76083-2, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 配列の詳細 | THIS SEQUENCE CORRESPOND | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.0M Na formate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% xylitol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54056 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54056 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→23.5321 Å / Num. obs: 40355 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 34.5489656212 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 4030 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6A3N 解像度: 2.70000890032→23.5320777477 Å / SU ML: 0.504562992188 / 交差検証法: NONE / σ(F): 2.02616478662 / 位相誤差: 32.4962839839 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.0805812221 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.70000890032→23.5320777477 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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