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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ezr | ||||||
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タイトル | Indole-2-carboxylic acid derivatives as allosteric inhibitors of fructose-1,6-bisphosphatase | ||||||
要素 | Fructose-1,6-bisphosphatase 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / fructose-1 / 6-bisphosphatase / indole-2-carboxylic acids | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / Gluconeogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process ...cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / Gluconeogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / negative regulation of glycolytic process / cellular hyperosmotic salinity response / regulation of gluconeogenesis / AMP binding / dephosphorylation / cellular response to cAMP / response to nutrient levels / gluconeogenesis / negative regulation of cell growth / cellular response to insulin stimulus / cellular response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X.Y. / Zhou, J. / Xu, B.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022 タイトル: Discovery of Novel Indole Derivatives as Fructose-1,6-bisphosphatase Inhibitors and X-ray Cocrystal Structures Analysis. 著者: Wang, X. / Zhao, R. / Ji, W. / Zhou, J. / Liu, Q. / Zhao, L. / Shen, Z. / Liu, S. / Xu, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ezr.cif.gz | 255.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ezr.ent.gz | 204.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ezr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/7ezr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/7ezr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7ezfC 7ezpC 2fieS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36887.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, FBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09467, fructose-bisphosphatase #2: 化合物 | ChemComp-0H1 / #3: 糖 | ChemComp-FBP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M HEPES, 20% PEG 3350, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.27→47.54 Å / Num. obs: 20178 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 66.69 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.27→3.53 Å / Num. unique obs: 20178 / CC1/2: 0.995 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2FIE 解像度: 3.27→40.84 Å / SU ML: 0.4571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.1718 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.27→40.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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