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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7.0E+45 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of compound 7 bound to MIF | ||||||
![]() | Macrophage migration inhibitory factor | ||||||
![]() | ISOMERASE / tautomease and cytokine | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / positive regulation of protein kinase A signaling / protein homotrimerization / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fan, C.P. / Yang, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Identification and Structure-Activity Relationships of Dietary Flavonoids as Human Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) Inhibitors. 著者: Yang, L. / Guo, D. / Fan, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 743 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 747.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-HWO / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.0, 3% isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→47.81 Å / Num. obs: 73421 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.46 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 1.165 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3456 / CC1/2: 0.788 / Rpim(I) all: 0.511 / Rrim(I) all: 1.223 / Rsym value: 1.165 / % possible all: 96.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1MIF 解像度: 1.433→47.81 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.49 Å2 / Biso mean: 20.3304 Å2 / Biso min: 8.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.433→47.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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